感染性病害
菇棚消杀：可参考药物闷棚的用药方法进行，或者提高药物浓度。出菇期间根据病害杂菌基数和温度状况，每3-7天喷施一次百病傻400倍液。
覆土栽培模式：一旦发现病害发生，立即停止喷水，强化通风，降低湿度，清理病区，并喷洒300倍左右百病傻溶液，或直赛百09等药物覆盖，菌畦栽培可去掉感病覆土，填充新土。
立体栽培模式：发现病害后应立即将发病菌袋包括子实体清理出菇棚，在棚内喷施300倍百病傻等药物，并加强通风；对感病菌袋喷洒200倍赛百09药物，后将之进行发酵处理；或将之与污染料相混合共同发酵，重新利用。
处理原则：无论清理出的感病覆土还是感病基料，绝对不可随丢乱弃、不管不问，以防形成新病源。
注意要点：任何药物都不能直接对子实体施用。
生理性病害
菜花菇、珊瑚菇、喇叭菇：多为通风不良、二氧化碳浓度过高所致。采掉病菇后，加强通风即可。
瘤盖菇：环境温度低至菌株出菇温度范围下限。采掉病菇后，提高棚温即可。
鸡腿菇：多为通风不良、湿度过高。采掉病菇后，加强通风即可。
蓝边菇：为一氧化碳浓度中毒。采掉病菇后，加强通风即可。
虫害
农业措施：生产场所远离虫源地，如养殖场、垃圾场、粪肥场等。破坏掉原有虫源地，设立隔离带。
物理措施：清理环境卫生，切断外界害虫进入生产区通道；清理菇棚以及场区卫生，使生产厂区内没有害虫赖以生存物质条件；对厂区内仓库、厕所等进行封闭和无害化处理；对菌种制作与储存、菌袋培养、出菇等场所封装防虫网，以防虫类进入。
化学措施：辛硫磷杀灭地下害虫，灌水、拌料均可。根据环境状况(害虫基数)和生产季节，灌水时按250-500克/200平方米使用，拌料时按250克左右/1000千克干料用量；或用毒辛喷洒地表，较之辛硫磷，可减少用量30%左右；或用氯氰菊酯、高效氯氰菊酯，稀释1000倍左右喷洒，仅作预防性用药时，可降低至1200-1500倍；也可用阿维菌素拌料，预防螨类害虫。
