一、死菇：主要原因有：①出菇密度大，营养供应不足。②高温高湿，二氧化碳积累过量，幼菇缺氧窒死。③机械损伤，在采菇时，周围小菇受到碰撞。④培养基过干，覆土含水量过小。⑤幼菇期或低温季节喷水量过多，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡。⑥用药不当，产生药害。⑦秋菇时遇寒流侵袭，或春菇棚温上升过快，而料温上升缓慢，造成温差过大，导致死菇。⑧秋末温度过高（超过25℃），春菇气温回升过快，连续几天超过20℃，此时温度适合菌丝体生长，菌丝体逐渐恢复活性，吸收大量养分，易导致已形成的菇蕾产生养分倒流，使小菇因养分供应不足而成片死亡。⑨严冬棚温长时间在冰点以下，造成冻害而成片死亡。⑩病原微生物侵染和虫害。螨、跳虫、菇蚊等泛滥。
二、畸形菇：主要有：①覆土过厚、过干，土粒偏大，对菇体产生机械压迫。②通风不良，二氧化碳浓度大，出现柄长盖小易开伞的畸形菇。③冬季室内用煤加温，一氧化碳中毒产生的瘤状突起。④药害导致畸形。⑤调水与温度变化不协调而诱发菌柄开裂，裂片卷起。⑥料内、覆土层含水量不足或空气湿度偏低，出现平顶、凹心或鳞片。
三、薄皮菇：症状为菌盖薄，开伞早，质量差。原因：①培养料过生、过薄、过干。②覆土过薄，含水量不足。③出菇期遇到高温、低湿、通风不良。④出菇密度大，温度高，湿度大，子实体生长快，成熟早。
四、硬开伞：症状为提前开伞，甚至菇盖和菇柄脱离。原因：①气温骤变，菇房出现10℃以上温差及较大干湿差。②空气湿度高而土层湿度低。③培养基养分供应不足。④品种特性或菌种老化。⑤出菇太密，调水不当。
五、地雷菇：结菇部位深，甚至在覆土层以下，往往在长大时才被发现。原因：①培养基过湿、过厚或培养基内混有泥土。②覆土后温度过低，菌丝未长满土层便开始扭结。③调水量过大，产生“漏料”，土层与料层产生无菌丝的“夹层”，只能在夹层下结菇。④通风过多，土层过干。
六、红根菇：菌盖颜色正常，菇脚发红或微绿。原因：①用水过量，通风不足。②肥害和药害。③培养料偏酸。④采收前喷水。⑤运输中受潮、积压。
七、水锈病：表现为子实体上有锈色斑点，甚至斑点连片。主要是因为床面喷水后没有及时通风，出菇环境温度大，或温度过低，子实体上水滴滞留时间过长而导致。
八、空心菇：症状为菇柄切削后有中空或白心现象。其原因主要是气温超过20℃时，子实体生长速度快，出菇密度大，空气相对湿度在90%以下，覆土偏干，菇盖表面水分蒸发量大造成的。
九、鳞片菇：气温偏低，菇房湿度小，空气干，湿度突然拉大，菌盖便容易产生鳞片。有时，鳞片是某些品种的固有特性。
十、玫冠病：菇体表面产生多孔状粉红色菌褶组织，呈小疣状或蜂巢状，病菇粉红色或玫瑰色。通常是由烃类、酚类化合物等污染的覆土、水或空气造成的。或某些杀虫剂使用过量。
