二级种的基本特征，就是菌丝浓密度、洁白度与一级种基本相同，瓶口处的空间，根据品种不同，有的被气生菌丝占领，有的露出接种块，甚至有的品种的接种块趋向于萎缩；打开瓶口后，菌丝特有的菌香味很是浓重。各食用菌品种二级种的基本特征如下。
双孢菇：双孢菇常用发酵过的粪草或谷粒做二级种的基。菌丝灰白、清晰，微带蓝色，生长有力，呈扇形生长，绒毛状菌丝多，整齐，气生菌丝洁白，基内菌丝淡灰。气生型品种的气生菌丝旺盛，菌丝前端呈扇形；匍匐型品种菌丝贴生，呈细线状分布，上下均匀，没有生长很快的扇形变异，没有黄白色厚菌被。在粪草培养基上，菌丝洁白至苍白色，粗细均匀，后期出现菌索，上下均匀一致，无菌被，在23℃恒温培养条件下，原种30天左右即可长满菌丝。
使用普通酒瓶做容器时，40天左右也可发满菌；谷粒种菌丝浓白粗壮遇高温时微黄，上下均匀一致。合适菌龄：粪草种50~60天，麦粒肿50天左右瓶内菌丝生长不健壮、呈散乱状态，或有“退菌”、“断菌”现象，料转色、结块或干缩，出现白色、浅黄色圆形块状物，有杂菌和螨类滋生，无蘑菇香味，具漂白粉或腥臭味等，为不合格菌种。稻(麦)草牛粪种，当大量索状菌丝形成时，摇动瓶会析出黄水等现象为不合格品。若培养料中菌丝已变成细线状或粗索状，呈淡黄白色，且菌丝萎缩，生长无力，或生长中就有菌被形成，则为培养基较湿或较老的菌种。
菌种瓶内上部菌丝干缩变质，下部菌丝生长尚好，为培养基过干，或培养期间温度过高；如果生长不均匀，表明麦粒浸泡和预煮时间不够；若生长中菌丝渐变黄，表明培养温度过高；若菌种瓶内上方出现很厚的菌被，是生产性能差或生理性老化的菌种，不宜使用。在高温条件下培养的菌种，使用时不宜吃料，发菌慢。
香菇：菌丝洁白、浓密，在麦粒基质上显得格外粗壮，菌丝体充盈麦粒间隙，几乎将基质麦粒全部包围，仅露出少量贴壁麦粒的暗黄色；瓶口或袋口处气生菌丝明显，爬壁菌丝较多，菌丝上下一致，无任何杂色或斑点、斑块，打开瓶口或袋口，即可闻到香菇特有的很浓郁的菌香味；阳光下放置10分钟左右，仔细观察无螨类害虫，菌龄在60天以内，即为合格菌种。
使用木屑基质的原种，菌丝浓白、密特点明显，凡是外观菌丝稀疏或呈树枝状生长，或菌丝参差不齐、呈斑禿状生长等，多为退化菌种；菌种瓶、袋表面可见斑块、污点等属于杂菌污染；菌种下部菌丝正常、上部菌丝稀疏，为高温发菌或发菌期间接受了高温条件，老化菌种；基质出现离壁现象、菌丝有亮晶晶的表现等，是典型的老化菌种；打开瓶袋，基质没有正常的菌香而出现酸、腐、臭等味道，大都是细菌污染或有真菌污染。上述种种现象，均为不合格菌种，应予淘汰处理。
平菇：菌丝洁白、浓密、粗壮，菌丝生长边缘整齐，多数菌株在培养基上方表面、瓶口或袋口空间内形成绒毛状气生菌丝，低温菌株在高温条件下培养时，气生菌丝常分泌黄色或橘黄褐色色素，或出现“黄梢”现象，分泌黄色至橘黄褐色水珠，这都属正常现象。被分解的木屑、稻草变白至淡黄色，菌香味浓。低温保存后期有小菇蕾现出，菌龄25天左右。不合格品的菌丝稀疏、无力，或成束状树根状生长，发育不匀，菌丝体结成“菌被”,不均匀，干缩，与瓶壁脱离，底部有积液，生长一段后停止生长，具酸败味，基质内具杂色斑纹、斑块或斑点等。
金针菇：菌丝绒毛状、洁白、浓密、生长均匀。遇高温有时在表面出现白色粉状物—即粉孢子。金针菇不同菌株间的生长速度差异明显，黄色种和白黄色种较白色种生长快，在相同的培养条件下，黄色种和黄白色原种长满瓶一般需要30天左右，而白色种要35天左右；发菌后期在培养基表面分泌酱油状褐色水珠，表面易从接种块上形成丛状小型子实体，也可从瓶壁与基料的间隙中产生。若菌丝生活力弱，生长稀疏，料面出现丛状或枯萎的子实体和大量酱油色液滴，基质具抑制线和大量粉末状的粉孢子，菌丝生长后期停止向下生长，或出现波浪式生长趋势，即菌丝浓疏不一、洁白度不同，为性状不优；若培养基明显收缩，形成大量子实体，说明已经老化，不可继续作为菌种用于生产。
草菇：菌丝灰白色，透明或半透明，粗壮并较整齐，但稀疏而显蓬松态，分布均匀，并具有光泽，生长均匀，个别品种10日后便有红褐色至锈红色厚垣孢子产生；厚垣孢子初灰白色，渐色泽加深，直至红褐色或锈红色；在稻草、棉籽壳或废棉培养基上，一般14~18天长满瓶，满瓶后3~5天使用效果最好，不要超过30天。凡是发满菌后在菌瓶表面有绿色霉菌等，均属老化种；若菌丝白色、透明，厚垣孢子尚未产生或产生很少，为幼龄菌种，但有的菌株其特性就是厚垣孢子量少，或者不产生厚垣孢子，则另当别论。
若培养基内菌丝逐渐减少，且有大量厚垣孢子充满稻草缝隙间，或菌丝黄白色，浓密如菌被，上层菌丝萎缩，培养料干缩有水分溢出，则为老龄菌种，尤其发生的厚垣孢子在由锈红色蜕变为灰白色或灰色时，说明该菌种已经严重老化。菌种过嫩则抗性低下，而过老则菌丝活力差，严重时发生种性退化，故都不能用于生产。若菌丝稀疏、透明，纤细如蛛丝状，是因培养基灭菌不彻底，被枯草杄菌污染而造成的；若菌丝生长不旺，厚垣孢子成团，则与培养基过湿有关；草菇原种在瓶内一般不能形成原基。
若菌丝逐渐消失，瓶壁有粉状物，是螨类危害；培养基发黑、腐败，为细菌污染所致，均应予以淘汰；若草菇菌丝中有洁白色的绒状菌丝，经一周左右变成黄白色似鱼卵状，接着变成棕褐色，是因为感染了小菌核菌。若瓶内菌丝萎缩，有“退菌”现象或变黄，并出现水浇状，有腥臭味等为老化菌种，同等培养条件和时间下，厚垣孢子多的品种，子实体小而密，反之，则大而稀。
鸡腿菇：菌丝浓密、白色、较粗壮，生长边缘整齐有力，在25℃恒温条件下培养，原种30天左右长满瓶，瓶口可有气生菌丝出现，但也有的不产生气生菌丝。具体可参考平菇等。灵芝：菌丝浓密而洁白，短而整齐，生长均匀，束状菌丝明显，后期易形成菌被型白色原基，数日后即可变深直至棕红色，为优良菌种。菌丝前期生长快，后期生长变慢，可能与营养不良或装瓶过紧有关。菌种瓶上部生长均匀，下部生长弱，说明培养基含水率过高。在棉籽壳基料上，在27~29℃C下培养，原种25天左右即可长满瓶。
猴头菇：菌丝洁白、浓密、粗壮，生长较快，上下分布均匀，分解纤维能力强。在培养温度偏低的情况下，极易在表面形成白点状子实体原基。因此，猴头原种的培养切忌持续低温，最好在24~28℃范围在原种培养过程中，如果菌种瓶内出现拮抗线或不明斑块，表明染有杂菌；如果菌丝生长稀疏、纤细，上下分布不均，是生活力衰退的表现，也可能已被细菌污染。
如果培养基收缩，瓶底积满黄色黏液，为老化菌种；如果培养基中木屑变成淡黄色，而且菌丝生长不旺盛，则与培养基中含氮量不足有关，培养时间过短也可出现上述情况；如果菌丝只长到瓶深1/4就有原基出现，与菌种退化有关，也可能是采用组织分离获得的菌种转代次数过多，至少超过4代，可采用孢子分离法进行复壮；猴头菇喜欢在偏酸性环境中生长(正常pH值6.0左右),如果培养基pH值过高，也会影响其生长。
阿魏菇、白灵菇、杏鲍菇：菌丝浓密、洁白、粗壮，上下均匀一致，生长整齐，外观酷似平菇。生长较平菇慢一些，在25℃恒温条件下培养，原种40天左右长满瓶。基本性状可参考平菇。杨树菇、茶新菇：菌丝浓密，上下均匀一致，生长整齐，外观如同金针菇。生长较慢，在25℃恒温条件下培养，原种40~50天左右长满瓶。（百度 快乐乡野间）
