内生菌是生活于健康维管束植物、藻类、地衣和苔藓植物的活组织内部，不引起宿主生物明显不利症状的细菌和真菌。其中，内生真菌的研究较多。内生真菌是真菌生物多样性的重要组成部分，发挥着多种不同的生态作用。很多内生真菌可以产生多种生物活性物质，具有抗菌、抗癌、抗氧化、抗病毒、免疫调节和杀虫等功效，广泛应用于医药、农业等行业。蕈菌具有肉眼可见的大型子实体，可以支持种类丰富的其他微生物的生存。然而，与植物内生真菌相比，蕈菌内生真菌报道较少。1955年，Watson首次采用组织分离的方法，从健康的乳菇（Lactarius spp.）和绿菇（Russula spp.）子实体分离出内生真菌Calcarisporium arbuscula。
羊肚菌是世界范围分布的一类属于子囊菌门的珍稀大型真菌，营养丰富，口味独特，并具有抗疲劳、抗肿瘤、调节机体免疫力等功效。这么一种有价值的“食材”，不但人类喜爱，其他微生物也伺机而发，时刻准备着分一杯羹。事实也证明，羊肚菌子囊果上隐匿着大量的内生真菌，这些内生真菌通常并不引起羊肚菌的病害，但不保在环境适宜的时候，它们揭竿而起，侵占这个营养丰富的“温床”。
我们在对四川、河南、湖北等地的粗柄羊肚菌的（其他羊肚菌同样还有不同类型的内生真菌）内生真菌分析中发现，大部分的内生真菌为子囊菌或其无性性，一株为接合菌（高山被孢霉），而羊肚菌同样也是子囊菌，这可能就增加了它们发病的时候药物的防治效果。目前还未有关于羊肚菌真菌病害的报道，是否这些内生真菌会篡位至病原菌还不得而知。
虽然羊肚菌是美味的食用菌，深受各国人民喜爱，但据报道，生食或烹饪不良时食用，是有可能会引起胃肠型和神经型食物中毒。我们有理由怀疑，引起食物中毒的很可能是一些耐热毒素，这可能与羊肚菌子实体的不良储存有关。羊肚菌子实体不良储存会使一些有害内生真菌进一步增殖，可能会增加食物中毒的几率。如羊肚菌内生真菌中的腐皮镰刀菌（Fusarium solani）的一些菌株是人类真菌病的病原因子；球毛壳菌是引起大脑暗色丝孢霉病、肺炎、指甲和皮肤感染的病原体；链格孢（Alternaria spp.）能产生几种对人和动物有害的毒素，与一些血液病和食道癌症等多种疾病相关。黑附球菌已知能引起过敏性肺炎和真菌过敏性鼻窦炎。羊肚菌有害内生真菌与食物中毒之间的关系，也是有必要进行深入研究课题。目前能做到的是，羊肚菌储存过程中一定要注意防止潮度过大，引起内生真菌增值或其他杂菌侵袭，造成商品形状下降。
