猴头菇在栽培过程中，常由于通气不良，水分管理不当，或温度过高，湿度偏低等原因，引起子实体发育不良产生畸形。如生长中片面强调湿度，通风透气差,二氧化碳浓度超过0.1％时，就会不断刺激子实体基部产生分枝，形成珊瑚状，以致不能形成球状子实体，影响产品质量。若遇25℃以上的高温，加上空气湿度低时，则易出现不长菌刺的光秃形子实体。
防止和克服畸形猴头菇的主要办法是：出现珊瑚状子实体时，应加强通风透气，促进子实体健壮生长，其症状就能很快消除，对已形成珊瑚状的幼蕾，应立即将它连同表面的一层培养料一起挖去，条件适宜就能长出正常的子实体。产生光秃形于实体时，则要加强水分管理，采用向空间喷雾化水或地面洒水；以降低温度和补充水分。此外，由于菌种传代次数过多，种性退化，产生畸形猴头菇时，应采取提纯复壮，培育优良菌种，提高种性和纯度。
猴头菇栽培中，由于栽培管理生态失控，常出现畸形怪状菇体，直接降低商品价值和影响生产者经济效益，因此成为生产中的一个难点。这里介绍畸形菇类型、体态，发生原因及避免措施。
一、光秃无刺型：
菇体呈簇状分枝，个肥大，表面皱缩粗糙，无刺毛，肉质松脆，略黄褐色，香味正常。发生原因主要是温度偏高，湿度偏低，常在25℃情况下子实体水分蒸发量过大，而湿度又没及时跟上，致使不长刺毛，则形成光秃菇。预防办法：注意控温保湿，当气温超过25℃时，野外菇床栽培的，应早晚揭开盖膜通风，白天把两头盖膜打开，使其透气;畦沟灌水降低地温、空间喷洒雾化水增加湿度，保持相对湿度90%以上;并把荫棚遮盖物加厚，减少阳光透进，降低水分蒸发。
二、珊瑚丛集型：
菇体基部多次分枝丛集，形似珊瑚，明显可看到一条似根状的菌索与培养基相连。这种子实体有的在出菇期就死亡，有的能继续生长发育，小枝顶端不断膨胀，形成多个状态的小子实体。其原因主要是二氧化碳浓度沉积过多，刺激菌柄不断分化，抑制中心部位的发育，致使形成不规则的珊蝴状;也有的因为培养料中含有芳香化合物杀菌物质，使菌丝生长受到抑制或刺激;常因保温保湿，忽视通风换气，在这种饱和的湿度和静止空气条件下，逼使子实体向异常发展。预防办法：(1)加强通风换气，改善环境条件。(2)培养料选择时，注意剔除杉、松、樟、杨槐等含杀菌物质的树木。(3)已形成珊瑚状的子实体，在幼小时立即将它连同表面培养料一起刮掉，然后再行培养，还可照常出菇。
三、色泽异常型：
菇体色泽变黄，菌刺短而粗;有的子实体发红色，或幼菇开始到成熟均呈粉红色，其菇体味带苦。此类色变的原因，主要是温度偏低，常因秋冬季栽培，气温突降，子实发育生长阶段低于10℃，菇体便发红，并随着气温下降，色泽加深。有的因通风时，子实体受到直流风刺激，菇体萎黄。对色变的菇，应区别病因对症处理。因低温引起的，则在安排接种时，就要考虑到接种后25天左右，当地气温以不低14℃为妥，以此为界往前推算最佳接种期，即可回避低温所害。升温办法：野外畦栽可把盖膜盖密，中午气温高时通风，并把遮盖物拉稀，引光增温;同时尽量避免通风直吹菇体上，或在风口处的菇袋上，盖湿纱布。
四、萎缩霉烂型：
菇体前期长势正常，中间刺毛萎倒，菇体皱缩;有的菇体变褐发霉。前者常因温度过高，空气干燥，明显缺水，以致停止生长，逐渐萎缩干枯。应及时喷水空间，微量喷雾在菇体上使其恢复。如发现菇体霉烂的，则为病害或霉菌侵袭，应加强通风，降温。已出现霉烂的及时挖除，并局部涂抹3%的漂白粉水或1%白灰水，控制蔓延。（致富热）
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