木耳一般以干货较为常见，保存时注意干燥、通风、凉爽即可，避免阳光直射，避免压重物或经常翻动导致碎裂。只要保存得当，一般能放置较长时间。如果水发了之后吃不完，装在有水的保鲜盒里，放在冰箱冷藏室，亦可保存两三天。
1、杜绝虫源
危害木耳的害虫有白蚁、谷蛾、长角谷盗，这些害虫常常在仓库缝隙、堆放的杂物处越冬。因此，在贮藏木耳前，应清除室内杂物和室外杂草，并用80%敌敌畏乳油进行空仓消毒，用量为0.2～0.3g/平方米，用纱布条浸药液挂于室内，密闭2～3天后，再通风1天，即可将木耳入仓。最后在仓库周围撒石灰粉，防止室外害虫进入室内。
2、防止受潮
木耳受潮后，极易导致虫害。因此，进库前必须干燥处理，使木耳含水量不超过12%，再装入塑料袋或铝罐中，密封后，置于衬有防潮纸的木箱或纸箱内。箱内可放入干燥剂（干木屑或生石灰等）。每隔10～15天检查1次，若干燥剂已吸湿，应取出晒干或烘干后，再放入箱内，若木耳回潮，应及时取出干制。
3、及时杀虫
如果木耳贮藏期间发现害虫，应采取措施及时杀除。①将木耳在强光下曝晒1天或用烘干机在50℃条件下烘40分钟即可杀灭害虫；②密封仓库20天以上可杀死全部害虫；③将仓库内的氧气抽出后输入氮，或向室内输入二氧化碳，使室内含氧量降至2%，害虫会因缺氧窒息而死。
4、闭仓熏蒸
在木耳贮藏期害虫大量发生时，应采用熏蒸剂对仓库密封熏蒸，此法短期内见效明显。常用的熏蒸剂为磷化铝，用量为6～9g/立方米，分散放于仓内，12℃以上密闭96小时，熏蒸结束后通风散气10天以上。
