入冬后，秋季栽培的平菇采收期并未结束，但往往受自然气候的制约，出菇量和生长速度与气温适宜期相比均有所下降。特别是遇到冬旱年份，低温加上低湿，如果管理不当，将导致出现僵菇和畸形菇等现象。
科学用水。当气温低于5℃、相对湿度低于70％时，菌丝体的代谢功能会明显减弱，子实体的生长速度也会显著下降。此时培养料的基质含水量应控制在60％以内为宜，床面喷水量也应相应减少，重点应以提高空气的相对湿度为主，使菇棚或菇房的相对湿度达到85％～90％。湿度小时菇体生长速度较慢，不仅会延长其生长周期，而且也会降低其产量。此外，菇体干燥时其品质也会很差。每天当气温较高时才可向空间、地面、墙壁等处喷水，以提高菇棚或菇房内的湿度。
双膜覆盖。在室外进行小拱棚栽培的，如遇到低温寒潮、大风降温天气，覆盖双层薄膜的菇床增温保温效果好。有条件的可在小拱棚上搭盖塑料大棚，没有条件的可在小拱棚膜上加盖厚草苫，再在草苫上覆盖一层薄膜。实践证明，用双层薄膜覆盖的菇床，其温度比单层膜覆盖的要高出3℃～5℃，可明显加快菇体生长速度，提高平菇产量。
补充养分。采收了第一茬菇后，培养料的养分、水分会明显下降，再生长的菇体多出现盖薄、柄细、单生、丛小、色浅、菇体龟裂等现象，这与料内养分和水分严重不足以及菌丝体分解养分能力下降有着直接关系。在冬季气温低时，可结合补充水分向培养料内增补3％的黄豆浆液、10％的淘米水、0.5％的尿素液，以调节培养料的碳氮比，增强菌丝的活性，达到提高产量和质量的目的。
合理通风。在寒冷的冬季，菌丝体和子实体并未停止生长，仍然进行着代谢作用，因此千万不可忽视菇棚或菇房的通风换气工作。每天应结合喷水或采菇时进行通风换气，把菇棚或菇房内的二氧化碳含量降到最低限度，确保菇棚内空气新鲜，每天在气温较高时通风1～2小时。
料面覆盖。北方地区冬季管理应在秋菇结束之后，使培养料处于较为干燥的状态，再结合打杆松动料面，排出培养料中的废气，并适当补充养分和调整培养料的PH值，然后在料面薄膜上覆盖10～15厘米厚的土层或20厘米厚的干净草层，以利保温，严防料面结冰而冻伤菌丝。室内栽培的应保持室温5℃左右，待开春温度回升后揭开覆盖物再进行正常管理。
