随着羊肚菌栽培面积和年份增加，羊肚菌的重茬问题越来越严重。重茬问题应该是使用土壤基质栽培菌类（包括大多作物）的通病，直接的表现就是同一块地连续种植羊肚菌后产量逐渐降低甚至绝收、病虫害加剧。
相对于南方的水田，北方的旱地重茬问题更为明显，这可能与南方水田夏季水稻有几个月的淹水作业有关。即便如此，水田羊肚菌种植也尽可能控制在2-3年之内，同地块多年种植后病虫害增加是很明显的事情。北方的田块冬季种植羊肚菌，夏季种植绿色作物，能有一定的缓解，但调研发现，超过两年，风险就急剧攀升。
重茬问题的本质是土壤中的元素失衡、菌群失衡、有毒有害物质积累、病虫害积累。表象上看多为病虫害严重，如播种后菌种被杂菌侵袭，外源营养袋被杂菌侵袭污染严重，出菇季节杂菌蔓延，菇子病害严重、菇子容易死亡等现象。而内在的元素失衡、菌群失衡和有毒有害物质积累，这部分目前还没有有效数据，有待相关研究机构的跟进。
经验上分析，有以下措施可缓解重茬问题：
加强风险意识：重茬问题与栽培技术、风险意识有关。当发现有外源营养袋污染时，务必在气温回升前撤掉并移出田地，避免外袋中的杂菌扩散到田间，可做沤堆、焚烧或掩埋处理。其它正常的外源营养袋也必须在生产结束后清理干净，移出田地，严禁将外源营养袋遗留在田间或破碎后洒落在田间。当一块田地已经发生严重的病虫害问题或重茬现象后，严格避免继续使用该地。
土地的轮作：相同地块避免连续多年种植羊肚菌，可行的方案是种植羊肚菌之后，来年的夏季和冬季到再下一年的夏季种植常规的农作物，到第三年冬季的时候再种植羊肚菌，但不可直接将田地荒废，此类操作风险最低。
淹水处理：如水稻田，进行水稻耕作，淹水3-4个月。但此方法不适合旱地。
作物轮作：冬季种植羊肚菌，次年夏季通过绿色作物如豆类、玉米、红薯、甜瓜的种植，到次年冬天后再种羊肚菌，本方法可连续做两年，风险不高。但严格避免和其他菌类的轮作，如草菇、竹荪、大球盖菇、鸡腿菇等。两年后结合一年的土地轮作则可继续种植羊肚菌。
土地深耕：使用大型翻耕机将土壤深耕至30-40cm，将深层土翻耕至表层，起到换土作用。本措施风险系数最低。
生石灰的使用：加大生石灰用量至800-1000斤每亩，在晴朗天气施撒后，用旋耕机旋地10-15cm，覆盖地膜或闭棚，起到闷热和触杀作用，可有效杀灭土壤中的虫卵和病菌。本操作需要羊肚菌种植至少15天前进行，效果较为理想。
蔬菜大棚焖棚：在初秋季节，持续晴朗的天气，将棚内杂草清理后浇水翻耕，之后闭棚，通过阳光暴晒、棚内水分蒸腾作用，持续1周的高温焖棚，可有效缓解棚内的病虫害基数，本操作可连续进行一到两次。实际操作中还可结合前述生石灰的使用，效果更好。
以上操作均可配合使用。
