菌种的生产仍是采用三级制种方法。即母种、原种、生产种。要想生产出合格的菌种，必须先培育出母种，而后由母种制成原种，由原种制成生产种。而后用生产种转接成栽培袋，再进行出菇管理。
1、母种：又叫一级种，用直径18～22cm的试管制备。常用配方：去皮马铃薯200克，葡萄糖20克，琼脂10-20克，水1000毫升。先把土豆去皮称重，切成小块煮至熟而不烂，过滤加水至1000毫升，再把琼脂剪成小段，放入锅内，边搅边煮，待琼脂溶化后加入葡萄糖，由于琼脂质量各有不同加入份量要看情况而定，装管前取一小勺浮在凉水中冷却观察其硬度适合然后分袋试管，用棉花塞塞住试管口，放入小高压锅内灭菌，当压力表达到1.5个压力时，再灭菌30分钟，取出试管放成斜面，放置2～3天后，无杂菌感染再放入接种箱内接种，接了种的试管放入培养室内进行培养，温度要求25℃左右，相对湿度75%以下。
2、原种：二级种，一般采用原种瓶和罐头瓶。培养料不要装的太满，装至瓶肩。原种的制备多采用谷粒种，锯沫种和棉子壳种。
①谷料种：用玉米、小麦为原料，精选后煮沸，使种子变软即成，不要煮的太熟，开花。熟后离火泡5分钟（不开盖而能吸足水份）而后装瓶，用小型或中型高压锅灭菌，放至温度25℃左右接入母种，放培养室内培养.一般25-30天即成。
②木屑种：木屑78%、麦麸20%、石膏1%、糖1%、料：水=1:1.3，拌匀装瓶，灭菌，接种培养。一般25-30天即成。
③棉子皮：因棉子皮各种营养丰富，一般不需要加其它物质，只加1%的糖和石膏，用料1.3-1.5倍的水拌匀即可，而后装瓶，灭菌，接种，培养即可。
推荐通用配方：木屑（或秸秆粉或棉籽壳）80斤，糠麸6斤，糖0.5斤，菇耳壮1.6两，石膏1斤。
3、生产种：可用木屑，玉米，棉籽皮，菌草，麦秸等为原料，根据所栽培的品种，采用不同的配方，用聚乙烯或聚丙烯，直径15～28cm塑料袋装料，然后用常压灭菌锅灭菌，达到100℃后，再维持100℃8～10小时。待袋稍凉后出锅，使栽培袋温度降至25℃左右再用原种接种，而后放到培养室的培养架上培养。
