生产上常见一些本来优良的品种，用不了几代就出现抗性、产量、品质等优良性状退化的现象。那么怎么最大限度地减缓或解决食用菌菌种的退化问题呢？
食用菌菌种退化是由于菌丝体的遗传物质发生了变异而造成的。表现为菌种突然或逐渐丧失原有的生活力、丰产性能或部分子实体的形态改变。菌丝体生长缓慢，在培养基上出现浓密的白色扇形菌落，对环境条件如温度、酸碱度、二氧化碳、氧气、杂菌等抵抗力弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显等现象。
如何防止食用菌菌种退化呢？
1、保证菌种的纯培养
不用被杂菌污染的菌种，不要用同一食用菌种类的不同菌株混合或近距离相连接培养。要防止菌种的混杂。在菌种转管，进行出菇试验等工作中，均应加强品种隔离，减少品种间的混杂，以保证优良品种的遗传组成在较长时间内能保持足够的稳定。
2、严格控制菌种传代次数，减少机械损伤，保证菌种活力
菌种传代次数越多，产生变异的机率就越高，因此菌种发生退化的概率就会越多，生产中应严格控制菌种的移接代数。
3、采用有效的菌种保藏方法保存菌种
菌种保存应是短期、中期和长期三者相结合，根据不同的要求从不同保藏方法中进行扩和移接，确保菌种能长期保持该品种的原有优良性状。适当低温保存菌种。低温型菌种(如蘑菇、香菇等)在4℃，高温型菌种(如草菇)在16℃下保存，有利于保存菌丝体的活力。
4、避免在单一培养基中多次传代
根据不同的代次、母种、原种、生产种选用不同类型的培养基，有利于提高菌种活力和保持优良性状。
5、选用适龄菌种
菌种不宜过长时间使用，超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化。
6、菌种要定期进行复壮
复壮应在适宜的温度、合适的酸碱度、充足的氧量、适当漫射光、无杂菌培养等条件下进行。创造菌种生长良好营养条件和外界环境。菌种培养基的营养条件应适宜，才能使菌种生长健壮，减少退化的发生。营养不足和过于丰富对菌种生长均不利。菌种的生长繁殖受到物理、化学、生物等外界条件的影响，如条件适宜，菌种生长正常，不易退化，不相适宜，则会引起菌种的退化。比如芳香族化合物，能诱发绒毛状菌丝体成扇形菌落的形成，这种菌丝体在料床上易形成致密的白斑，导致产量下降。
7、菌种选育
每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。对菌种可能遭受病毒的感染应保持足够的警惕。对有疑问的菌种要及时检验。确证已感染病毒，尤其是病毒粒子含量大，菌丝体及子实体性状已受到严重影响的菌种，应及时淘汰。
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