1.低温冷藏
低温冷藏是防止食用菌变质与腐败的古老而有效的方法。低温可抑制菌盖开伞和菌柄的伸长，抑制酶的活性，降低呼吸作用，抑制微生物生长，从而可以达到延缓组织衰老、延长双孢菇贮藏期的目的。Aguirre等研究了3种温度(5、10、15℃)和3种相对湿度(70%、80%、90%)条件下，双孢菇贮藏过程中的品质变化，发现低温和高湿环境是防止双孢菇质量损失的最佳贮存条件。同时石启龙等在(3±1)、(10±1)、(17±1)℃以及30℃共4种温度条件下进行实验，结果表明，(3±1)℃低温可明显降低失重率，推迟呼吸跃变的出现，降低呼吸峰值，同时还能降低PPO活力，延缓双孢菇中可溶性总糖损失的速度。
2.气调保鲜
气调保鲜是通过调节贮藏环境中氧气和二氧化碳的比例，抑制果实的呼吸强度，以延长果品贮存期的一种贮藏方式，也是当今最先进、可广泛应用的果品保鲜技术之一。Lopez-Briones等通过对蘑菇气调条件的研究，指出升高贮藏环境中的C02浓度比降低02浓度能更有效地控制菇体的开伞和颜色变化。Ward等研究结果也表明高浓度C02能够抑制双孢菇的开伞、褐变及腐败。
国外气调贮藏主要是用充氮来稀释氧的浓度，保鲜效好，但成本太高，在我国难以普遍推广。并且气调贮藏库的建筑和设备费用昂贵，目前较难大范围的推广应用。而塑料薄膜封闭容器可安放在普通的机械冷藏库或通风贮藏库内，使用方便，成本较低，还可在车、船运输中应用。我国采用自发气调贮藏，不但成本低，操作简单，且无有害物残留，贮藏效果较好。
3.辐照保鲜
辐照保鲜是利用穿透力强的射线来辐照蘑菇，将菇体内的微生物杀死，并破坏菇体内酶的活性，从而抑制与延缓菇体内的生理生化进程。刘超等使用不同剂量辐照处理双孢蘑菇，结果发现辐照处理后的蘑菇在破膜、开伞、褐变、腐烂、鲜重损失等方面都明显低于对照，并且使用1.2kGy的辐照剂量，结合4℃的低温贮藏，能使双孢菇贮藏30d左右。辐照法可使蘑菇保鲜2－3d，一般只用1－1.5kGy的剂量，当辐照剂量总计超过2kGy时将对蘑菇不利。因此若要长期贮藏蘑菇一般不使用此种方法，并且应严格控制辐射剂量。
4.化学保鲜
化学保鲜主要是应用化学药剂对果品进行处理保鲜，这些化学药剂可以统称为保鲜剂。目前研究的保鲜剂有亚硫酸钠、二氧化氯、过氧化氢、柠檬酸、抗坏血酸、半胱氨酸等，对于不同保鲜剂的保鲜效果也有大量报道。
在传统加工中，蘑菇常用0.3－0.5g/L焦亚硫酸钠溶液浸泡处理2－5min进行护色保鲜，然而lg/L的焦亚硫酸钠就会对双孢菇不利。在爱尔兰，亚硫酸盐的使用正在逐渐的减少，由于二氧化氯具有强的氧化能力，一些加工者使用稳定态二氧化氯来代替亚硫酸盐。然而，二氧化氯保持蘑菇的白度效果不稳定。为了用相对简单的方法延长双孢菇的货架期，Brennan等采用柠檬酸及过氧化氢浸泡双孢菇10min，然后切片贮存于4℃环境中，可以保持19d，结果还发现柠檬酸及过氧化氢浸泡处理组比对照组的假单胞菌的数量有所下降，且质量都得到了改善。
综上所述，双孢菇的最适贮藏温为0℃，贮藏期1－2周。但是，食用菌采用低温冷藏时温度不应有太大波动，并且在采摘后应尽快进入冷库，使菇体中心温度迅速降低至库温，再进行挑选、分级、加工、包装。在02体积分数为2%，C02体积分数为18%－22%时，保鲜效果最为理想。
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