常见病害有绿霉病等杂菌感染、细菌性腐烂病；常见虫害有菇蚊。病虫害防治以防为主，药剂防治为辅的原则。选择农药必须高效、低毒、低残留，符合无公害白灵菇生产要求。
(1)绿霉病。出现在白灵菇发菌期，主要由木霉菌引起，可造成菌袋污染。
发病环境条件：发菌期间出现高温、高湿，空气不流通，可引起绿色木霉感染。
防治措施：在拌料时添加3%~4%的生石灰，调高培养料的pH，可有效抑制绿霉菌的发生。及早通风降温，把感染杂菌的菌袋清除出菇房。保持发菌场所清洁卫生通风良好，菌袋点片发生绿霉时于用5%石灰清液注射霉菌斑及周围培养料，抑制绿霉菌生长。
(2)细菌性腐烂病。出菇期病害，感病白灵菇子实体有黄色水渍状斑点，其后腐烂，有异味。
发病主要环境条件为：菇房湿度太大，通风不足，水直接喷于子实体上，管理用水不洁，室温过高，长时间超过24℃。
防治措施：严格控制空气湿度不超过90%，保持适当通风;水不与菇体直接接触;使用清洁水；避开高温天气或采取降温措施;防止昆虫进入菇房。
(3)虫害。白灵菇生产过程中常见害虫有菇蚊、菇蚋等。成虫可钻入菌袋产卵，随后幼虫大量吞食菌袋菌丝，导致绝收。
主要防治措施:在出菇期菇棚所有通风口覆盖60目以上防虫网，以防菇蚊等成虫飞人;也可在菇棚内悬挂黄板，黄板规格为25厘米×40厘米，每个菇棚悬挂5~6个，诱杀进入菇棚的菇蚊成虫。
