常见的食用菌病害症状有变色、斑点、凹陷、软腐、萎缩、畸形等。
寄生性真菌病害：褐腐病、褐斑病、软腐病、褶霉病、菇脚粗糙病、枯萎病、浅红酵母病等。
一、褐腐病：
症状：只侵害子实体，子实体受到轻度感染时，菌柄肿大或泡状，严重时子实体变畸形，分化受阻。后期感染，菌柄变褐或菌柄基部形成淡褐色病斑，而看不到明显的病原菌。若带病菌柄残留于菇床上，会长出一团白色的菌丝，最后变成暗褐色，
防治方法： 1.若覆土被污染，可在覆土上喷1：500倍的多菌灵或托布津，可杀灭病菌孢子。 2.如发现发病时应立即停止喷水，加大菇房的通风，降低温度，温度可降到15℃以下。病区可用1：500倍的多菌灵或托布津溶液灭菌。 3.发病严重时，可去掉原有覆土，更换新土，将病菇烧毁，所用工具用4％甲醛溶液消毒。
二、 软腐病
发生特点：发病时，菇床表面出现白色菌丝，后期变成水红色。在低温高湿环境下，被侵染的菇体畸形，变褐色，直至软腐。金针菇和平菇易感染此病。
防治方法：培养料进行二次发酵；覆土用巴氏消毒30 min；加强通风透气，降低土表和空气湿度；发现病菇立即摘除并集中处理，并在病区喷500倍液的甲基托布津或代森锰锌液，防效较好。
三、褐斑病
发生特点：细菌性病害主要是细菌性斑点病，又称褐斑病。在高温高湿、低温高湿、菇棚通风不畅的情况下，均易导致该病发生。发病初期，在菌盖上出现不规则针头大小的褐色小斑点，后扩大为卵形，渐变为深褐色，直到黑褐色，发病严重时引起菇盖变形、开裂。褐斑病多发生在双孢菇、金针菇、平菇上。
防治方法：严格覆土消毒和用水清洁；空气相对湿度控制在85% ~ 90%，每次喷水后要注意通风，以防菇盖表面长时间积水和处于潮湿状态；一旦发病及时清除病部，然后喷100 ~ 200 IU的链霉素或含150 mg/L的漂白粉水溶液。在平菇上用0.1%克霉灵水溶液喷洒。
四、干腐病
发生特点：（以双孢菇为例）前期，子实体出现发育受阻和生长停滞现象，菇色为淡灰白色，触摸病菇时手感较硬：中期，菇柄基部变褐加粗，菇柄稍长而弯曲，菇盖歪斜，出现不规则的早开伞现象;后期，病菇逐渐萎缩、干枯、脆而易断，用刀切病菇的菌柄，切口呈褐色、有孔穴，穴内有液体。将菌柄纵向撕开，可发现一条条暗褐色组织。
防治方法：正确堆置培养料，使其发酵良好；保持菇房及周围环境清洁；工具用2％漂白粉溶液或500倍的波尔多液喷刷，晾干后使用；及时将发病区和无病区隔离，可采用挖沟隔离法，防止病菌传播。
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