1、在制作枝条菌种时，所选用的枝条以阔叶树硬杂木的枝条为宜，这类枝条内部含菌量比较高。不宜选择富含芳香物和油脂的松树、杉树、桉树、香樟等的枝条。
2、选择好枝条后，将枝条用石灰石浸泡24个小时，让枝条吸足水，并且要调整好pH值。
3、在进行装袋操作时，枝条要跟一般的常规料混在一起，比例为1:3，这样既可以填充空隙，又可以作为菌丝生长媒介，有利于菌丝长入枝条，加快发菌速度。
4、做好灭菌消毒工作：由于枝条菌种内部的空气交换和热传递速度相对木屑等慢，热量不容易穿透枝条，使得枝条菌种灭菌时间要比常规料长。因此菌袋插入枝条菌种前，在插入点外部要涂抹杀菌剂，插入后的口子要用消毒过的胶带封口。
5、发菌管理基本同常规，但由于枝条菌种的发菌点比较多，生长速度快，内部热量多，高温期制作种不宜堆得过高，枝条间隔要大一些，以防高温灼伤菌种。
枝条菌种发菌优点如下:
一、缩短发菌时间，菌龄上下一致，木条菌种空隙多通气性好，菌丝吃料快，生长旺盛。
二、接种用木条枝条，菌种利用率高，杂菌污染少，一次性使用价格低廉节省劳动力无毒无味，可根据食用菌品种不同，农户条件操作不同等各方面因素，灵活运用，枝条尺寸也可根据用户要求变动,木条菌种做原种一根木条接种一袋，没有接多接少和浪费现象。
三、木条的材质以密度较低的杨木为佳，木条发菌快，且杨木的来源多，备用量大，价格低廉。
四、枝条充分晾晒，可长久保存不会霉变而影响食用菌品质。（群蘑汇）
