食用菌菌种同作物蔬菜的种子一样，是获得高产稳产的内在因素和基础，菌种质量的优劣直接影响到食用菌的产量，甚至关系到栽培的成败。因此，识别、鉴定菌种的优劣就显得十分重要。
一、看
1.看菌种瓶（袋）培养料周围或表面是否有红、黄、黑、绿等异常斑点或片块若存在以上任何一种现象，都说明该菌种已被杂菌侵染（香菇、滑菇等产生色素的品种除外），该菌种不宜再用。
2.看菌种瓶（袋）是否被打开过，瓶（袋）外表有无破损凡已打开过或有破损的菌种都有被杂菌污染的可能，所以这样的菌种不宜再当菌种使用，只能用于出菇。
3.看菌种瓶（袋）标签上的日期是否过长菌龄过长的菌丝会由营养生长转为生殖生长，若再做菌种接入培养基后，菌丝萌发慢，菌丝质量差，抗杂菌能力减弱。菌种中既有发满瓶（袋）的，又有未发满瓶（袋）的（在同一次制种的前提下），这是由于制种的先后和装料的松紧不一致造成的，是允许的，这种情况说明该菌种的时间还不算长，可以挑选早发满菌丝的瓶（袋）先用。若所有的菌种都已发满，且发现有的菌丝已长出瓶（袋）口，或有的培养料已失水离开了瓶（袋）壁，或有大量的小籽实体出现，都说明该菌种的菌龄已过长，不宜再作菌种使用。菌种瓶（袋）中的培养料尚未发满菌丝，但已出菇的菌种也不宜再作菌种用。这种菌种多是由于将母种无限度地转管或将原种当母种、生产种当原种转瓶（或袋）造成的，此情况下的菌种由于菌丝生活力弱，吃料慢，周期长，若继续当菌种使用则会严重影响成品菇的产量和质量。
4.看菌种的茵丝是否洁白、粗壮菌丝粗壮、洁白、浓密，且培养料的颜色由深变浅者为优良菌种；菌丝稀疏，上稀下密或上密下疏的菌种均属不正常情况，不宜再当菌种使用。需要特别说明的一点是：食用菌中不同种类的菌种在外观上也有差异，各有自己的特点，如：香菇菌丝常有褐色色素产生，气生菌丝较少；平菇气生菌丝则异常繁茂，常能充满容器；滑菇菌丝洁白度差，常有黄褐色色素。所以在选用菌种时应区别情况分别对待。
二、闻
在购买菌种时，可打开几瓶闻一下，正常的菌种应具有该菌种（菌株）的特殊香味，若有霉味、酸味、臭味或其他异味的菌种均属不正常范围，说明该菌种已被其他杂菌感染，不能再当菌种使用。
三、试
1.袋装的菌种可以在袋外面捏一捏，良好的菌种装得松紧适中，较软、疏松且易碎的则为劣次菌种。
2.玻璃瓶装的菌种可随便开启一瓶，用摄子或其他硬棒挑碎培养料块，并适当搅拌培养料块，易碎者为劣次菌种；较硬且碎屑少者为优良菌种。
3.无论袋装还是瓶装的菌种，还可以直接用手来断定菌种的优劣优良的菌种用手指按压菌块时富有弹性，用手掰成小块时掉下来的碎末少，培养块断面菌丝明显可见。相反，若菌块无弹性，挖出的菌种不成块状，松散、碎屑多，则为劣次菌种，不能用于生产。
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