野生香菇是可以分离出菌种的，但分离出的菌种是不是能够成活，能够成活，是否在人工种植中能够适应人工模拟的生长环境，也具有着不确定性。如果要它成为人工种植中能使用、并且具有优良的抗性、出菇性能、产量性能、质量性能还需进行无数次的驯化，驯化成功才能被作为新品种进行推广使用。
对野生香菇进行分离并不难，其中最容易的就是采用组织分离法。所谓的组织分离法，简单的说就是利用香菇组织能再生菌丝的特性，取一块香菇的新鲜组织，放进装有培养基的试管中，再把试管放置在适于香菇菌丝体生长的恒温环境中，进行菌种培育，详细操作步骤如下。
一、PAD培养基制作
用组织分离法制作菌种，必须先制作好PDA培养基备用。
1. 所用原料
马铃薯200克、葡萄糖20克、琼脂15克、水1000毫升。
2. 制作
马铃薯洗净去皮，切成小颗粒，放入铝锅中，加入1000毫升水，进行蒸煮至沸腾。沸腾状态下保持30分钟后，关火。用三层以上纱布对锅中的马铃薯进行过滤，把经过过滤得到的马铃薯溶液倒入量杯中。
接着，把葡萄糖、琼脂放入量杯中，并把量杯中的水补足1000毫升后，进行搅拌均匀，使葡萄糖和琼脂充分溶解。如溶液温度过低，不能充分溶解，可对量杯进行加热，直至全部溶解。
3. 灌装试管
就是把调节好的培养基趁热用漏斗灌装进早就准备好的试管中，灌装量是试管容积的1/5~1/4，灌装完毕，试管盖紧胶塞，每7支为一组为一组进行捆扎。
4. 灭菌
把试管放进高压灭菌锅中进行灭菌。灭菌温度121℃、压力0.105Mpa，灭菌时长30分钟，灭菌过程中，要注意排净高压灭菌锅中的冷气。灭菌后，锅内温度降至80℃时，放净锅中蒸汽，取出试管。
5. 摆放试管斜面。
灭菌锅中取出的试管放置在平台上，试管开口端用物垫起，让试管内培养基形成斜面，使试管内培养基最高处处于试管的1/2位置，试管上覆盖毛巾或棉垫类物品，避免试管内出现冷凝水。试管中的培养基凝固，试管斜面培养基制作完成。
6. 杂菌测试。
把制作好的培养基试管，放入25℃的恒温箱内，48小时后，显微镜检测，培养基上无杂菌生长，低温保存培养基试管待用。
二、分离香菇组织
取下新鲜野生香菇的一块组织，组织摘取要在无菌条件下进行。
1. 消毒灭菌
用75%酒精对整个香菇菇体表面进行擦拭后，拿入经消毒灭菌的接种箱，并再次用75%酒精进行表面擦拭后，点燃酒精灯，把香菇菇体一撕为二，把手术刀在酒精灯上进行火焰消毒冷却，然后切下香菇组织。
2. 摘取
用于菌种培养的香菇组织摘取，一般摘取位置选择在菌柄和菌褶交汇处，此处组织的细胞再生能力最强。组织大小，取下组织块的大小近于绿豆粒大小即可，摘取完毕，放入试的培养基上。为了成功率，一般一次培养数量，至少在7支试管以上。
3. 培养
把装有香菇组织的培养基试管，放进恒温箱内，温度调节在25℃左右。1周左右，如果香菇组织表面，长出绒毛状菌丝，即视为成活。如组织表面没有任何变化，表明分离失败，只能重新进行分离。
在恒温箱中，对成活的菌丝再培养2周左右，进行一次转管，如转管后菌丝成活，就是得到了野生香菇的母种。
得到野生香菇母种后，要进行进一步的筛选，留出菌丝生长最为强壮的母种，进行原种种扩繁后，进行栽培实验和人工驯化，人工驯化获得成功后，证明一个新的香菇品种诞生，即可以进行扩繁原种、栽培种，进行栽培。如进行推广，需到相关部门注册、办理资质，才可进行。
野生香菇的菌种分离，说起来容易，成活应该问题不大，最主要在分离后的人工驯化，能够驯化成功，才能成为真正的菌种。经历驯化过程时，要做好所有的心里准备，辛苦不必提及，最主要是要有接受失败的勇气，不气馁、不灰心，不达目的不罢休的坚定信心。（初始农人）
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