一些羊肚菌基地在播种后一段时间内（一到两周左右时间），会发现一些青霉、链孢霉的污染，后期偶尔还有蛛网病的污染，该怎么处理呢？
通常这种情况发生在早播种的田间（高温引起），特别是这两年较多的基地按照提前播种，期待年前出菇上市的方案进行时，发生感染居多；另外，发生感染的都是一些菌种块在播种的时候没有被覆土覆盖到的，即覆土不彻底所致；当然，也有菌种带杂菌的情况。
菌种上除含有羊肚菌菌丝外，还有较多的麦粒、木屑营养，在相对高温条件下，很容易遭受土壤中的各种微生物侵袭，特别是上面说的青霉、链孢霉。
青霉和链孢霉容易区分。青霉感染在很短时间内就能看到青色或青绿色的分生孢子，较易判断，而链孢霉则不同，初期为浓密洁白的菌丝，覆盖整个菌种块，后期变为粉色分生孢子。当然，可能还有其他类似的杂菌侵袭羊肚菌。杂菌的分生孢子一旦产生，就将随着风、气流等四散传播，极容易造成整个棚子杂菌基数过大，遇到适宜的温度、湿度和营养后，这些孢子就继续萌发生长，造成更大的危害；条件不合适时，这些孢子会休眠等待时机，如第二年春季温度回升，出菇后，可能再继续侵蚀羊肚菌菇子，造成新一轮的危害。
菌床上的链孢霉感染
播种后的青霉感染
应对的办法有分前后两个阶段：
播种前期，土地优选干净土地，连续多年种植羊肚菌的地杂菌必定越来越多；可通过与绿色作物轮作进行调节；通常的建议是旱地连续种植不超过两年，水田不超过3-4年；常规的石灰和暴晒是必须环节；当有残留含糖量较高的农作物废弃物时，要清理干净和加大石灰用量；多年种植的田地要合理的更换轮作。一些粘性土壤土块较大，无法做到覆土彻底时，则应避免提早播种，可按照生产节奏的安排，将播种时间适当控制在相对较低的温度下，大多不会出现污染事件。
菌种带杂造成的大面积绿霉感染
羊肚菌菌丝可以在土壤内四窜生长，而杂菌则需要依附在营养源附近很小的范围生长。理解这个原理，就可以对已经发生污染的田地进行处理：能够将污染的区域捡走或铲走的污染区域，就先铲出去，之后在该区域撒生石灰，厚度在0.3-0.5cm，覆盖整个污染源区域；不能铲走的污染物，可用干净的土壤对污染的小区域进行覆盖，覆盖厚度2-4cm，或用生石灰覆盖0.5-1cm；污染物控制之后，在外源营养袋摆放时注意避开污染区域，摆放在羊肚菌菌丝或菌霜健壮的区域，避免外袋被侵袭；感染较为严重的，比方说在播种后2周内，外袋还没摆放前就已经超过20%的面积感染的，目前的案例多是无解的，可以考虑放弃生产，避免新的投入浪费，并做好隔离。
扩散到外源营养袋内的链孢霉
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