一、树立综合防治观念。食用菌病害的发生甚至流行或发展，都有其发展规律，表面上看，病害仅在某一生产环节出现，但是病害的发生是需要相当多的条件的。因此，防病应从源头抓起，至生产完全结束为止，中间环节亦不能稍有放松以彻底杜绝病害发生的渠道。
二、选用优良脱毒菌种，是保证菌种不带任何病毒病菌、确保菌丝健壮、提高菌丝抗性的有效措施。脱毒菌种自身不携带任何病毒病菌；由于在脱毒过程中人为调控基质及温度，又使其大大提高了对外界条件的适应性及抗逆性；脱毒过程的同时又是一个恶劣条件下的驯化过程，使菌种自一开始就生长在相对的环境中，在逐渐的生长发育过程中自然增强抗性、提高抗病性。
三、严格菇棚及栽培环境中的消毒处理，是消灭残存病毒病菌的主要手段。首先，菇棚周边粪堆、草堆、垃圾等应清理干净，将杂草类一并清除。多次喷洒500倍左右的多菌灵类杀菌药物，以彻底清洁环境。其次，对老菇棚应刮除墙皮，有条件时可将地表铲除1厘米左右，最后兑制50倍蘑菇祛病王溶液，对棚内进行地毯式喷洒，即使墙体、边角、立柱、通风孔等也应喷洒药物，不留任何死角。揭去棚膜上的覆盖物，令其曝晒，约5-7天即可启用。该项措施能够较彻底地杀灭棚内病害，病原菌也可使用10倍的强优戊二醛溶液、200倍金星消毒液，甲醛配制多甲溶液喷洒杀菌的效果亦很好，一般可按多菌灵:甲醛:水为1:2:100的比例，如果上季栽培时病害较重可适当加大药物浓度。最后对原发病害严重的菇棚，可拆除上层架杆、塑膜等物，棚内堆以秸秆杂草，点燃焚烧，将草灰翻入土层中，重新架杆覆膜，再施药物喷洒，效果很好。具体操作时应选择无风天气，并备有适当的灭火手段。
四、对覆土材料进行有效处理，是防止带病进棚的重要环节。覆土材料的杀菌处理，宜采用曝晒、药物、堆闷的办法，选择覆土材料后，在硬化地面进行曝晒，随着翻动，使土粒保持在0.5厘米以下的粒度，多为粉末状，配制100倍蘑菇祛病王溶液边喷边拌，反复2次，建棚后覆膜进行堆闷效果极好。
五、基料处理要严格，这是确保“不带病进棚”的关键环节。该阶段包括干料的曝晒处理，堆酵处理的均匀一致和装袋播种的规范化熟料接种以及培养发菌等环境的清洁杀菌。完成发菌后，菌袋进棚前应配制200倍蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，将菌袋浸洗一遍后再进棚。
六、菇棚内经常喷洒杀菌抑菌药物，是出菇管理过程中主要的预防手段。自菌袋进棚或基料进棚播种后，即应经常喷施药物，以达预防病害之目的。
七、将病害消灭在萌芽之中。初发之时，是防止病害大量繁殖形成危害的主要措施。对初发病害，应彻底处理，对菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清理出棚，浸药后深埋处理。数量较大时，可喷药后进行堆闷，也可撒拌石灰粉后进行堆闷，方法是；建堆后，用稀泥巴将土堆封堆，令其自然发酵，产热杀死病菌。对覆土栽培的，应扩大病区范围连同基料一控到底，清理出棚。
八、有效防止和杀灭害虫，也是防治病害的重要措施之一。大多害虫往往携带大量病菌，一旦进棚，即可形成“病源”，到处传播，形成蔓延，因此在防治病害的时候，万不可忽视对虫害的控制和杀灭。主要措施有：清理外部环境，喷施高效低毒药物控制虫源；菇棚门口撒施2米以上石灰过道，以防爬虫类进入；通风口、门口封挂防虫网，以防飞虫类进入；发现虫害后，采取毒饵诱杀方式，效果较好。对菇蚊蝇类，可在出菇间歇期喷洒灭害灵类即可杀灭；也可配制糖醋液诱杀，按高度白酒:糖:醋:水为1:2:3:4的比例配好后，加3-4滴敌敌畏液盛于容器，成虫趋味飞入，即可杀死。
