一、病害。
1.平菇褐腐病：又称褐斑病，其症状是发病后菇体变黄、腐烂并有臭味，发病原因是病原菌或潜伏于土壤内，或进入基料，也可随气流等进入菇棚，尤其菌丝因营养供给不足、抗性下降、加之高湿及通风不良等。
2.平菇腐烂病：细菌性病害，高湿条件下通风严重不良。
3.草菇小菌核病：该病菌中长期存活于土壤及有机物中，并可对多种作物及林果等形成侵染，尤在高温高湿、通风不良时发病严重。
4.香菇烂筒病：发病原因是木霉或者青霉侵染，导致“臭袋”发生。
5.木耳流耳病：高温高湿引发的细菌性病害。
6.鸡腿菇腐烂病：温度由低到高的转换阶段，没有及时调整通风所致。
二、虫害。
1.菌蚊类：包括厉眼菌蚊、迟眼菌蚊、小菌蚊等，为害食用菌品种广泛，
2.菌蚊类：包括厉眼菌蚊、迟眼菌蚊、小菌蚊等，为害食用菌品种广泛，该害虫一年多代发生，世代重叠，没有休眠期，只要温度适宜，一年四季均可繁殖并形成危害。
3.菇蝇类：常见的主要有蚤蝇、厩蝇等，尽管其体形很小，但危害性不亚于菇蚊，只要温度条件适宜全年均可形成危害。
4.蠼螋：主要危害床栽类食用菌如双孢菇、姬松茸、鸡腿菇等，在南方地区尤对竹荪栽培危害最大，尤喜未充分腐熟的基料或厩肥。
5.跳虫：体型最小的害虫，性喜潮湿、高温环境，咬食菌丝及子实体，尤其附着在菌褶内取食孢子，多存活于土壤下、墙缝及废料堆内，一旦温、湿度条件合适，便可形成危害。
6.螨类：该类害虫的危害性极大，成虫可长期潜伏于厩厕、粪堆、腐草以及库房、菇棚墙缝中，并可自体繁殖，繁殖速度极快，咬食菌丝，危害很大。
7.线虫：无脊椎害虫，对多种食用菌均可形成危害，以危害菌丝为主，吸食菌丝和细胞的营养物质，从而使菌丝生长受阻、萎缩消失。
8.蛞蝓：属软体动物，危害多种食用菌，性喜阴暗、潮湿场所，可取食子实体。
9.鼠妇：属于小动物类，又有西瓜虫之称，受惊时头尾卷曲呈球形，一般喜在阴暗、潮湿的场所以有机物为食，尤其对覆土栽培品种如双孢菇、鸡腿菇危害最大。
