菌棒“烧菌”是指菌棒经受高温、部分菌丝死亡并滋生杂菌的现象。为避免这一现象，可采取以下技术措施：
1. 遮阴降温
使用遮阳网覆盖正在养菌的菌棒，防止阳光直射菌丝，影响菌丝生长。早晚温度较低时，打起养菌棚的棉被，通风并利用太阳光适当提高棚温；气温较高的时段，将养菌棚的棉被放下，在黑暗的条件下养菌。
2. 及时散热
高温天气来临前，及时降低菌棒码放密度。对于垛式码放进行养菌的香菇、平菇等菌棒，翻堆时将菌棒码放成“井”字形，并降低菌棒的码放层数至4-6层，垛与垛间留60-80厘米的空隙，以利于散热。对于采取堆式养菌的茶树菇，菌丝萌发封住料面后，及时散堆，防止堆积造成散热困难。同时，加强棚内空气流通，可在棚顶安装轴流风机，加快棚内的空气流动。未安装风机的棚室，打开养菌棚的通风口，促进养菌棚内外的空气交换，一方面排出养菌棚多余热量；另一方面降低棚内的二氧化碳浓度至600ppm以下。
3. 避免集中产热
菌棒受振动，菌丝呼吸作用加剧，大量产热，容易引发“烧菌”。因此，高温期间严禁翻动菌棒或对菌棒进行刺孔通氧操作，应做好刺孔安排，避开高温天气。如已完成刺孔工序，则需要注意刺孔后2-3天内菌棒温度上升较快，应加强通风散热，防止菌丝因高温而死亡。
4. 通风增氧，减轻“烧菌”受损
一旦菌棒发生了“烧菌”，要立即加强养菌棚的通风换气，而非仅仅采取降温措施。
具体措施：将养菌大棚的通风口全部打开，并开启轴流风机，促进养菌棚内外的空气流动，排出棚内的二氧化碳，使更多的新鲜空气进入棚内。同时，可划破菌棒的塑料膜，稀疏摆放，促使更多氧气进入菌棒内部，促进菌丝恢复。
