一、菌袋污染杂菌
银耳菌袋污染杂菌，在老菇区更为严重，主要原因是老产区污染袋处理不好，空间杂菌孢子指数不断增加，而且杂菌抗逆力也越来越强。引起菌袋污染的主要原因有：
1.基质酸败。原料霉变没做处理，配料含水量偏高，装袋时间拖长，均可引起基质酸败，为霉菌孳生提供条件。
2.料袋灭菌不彻底，给杂菌有存活的机会。
3.塑料袋质量差或因料袋操作不慎袋壁刺破。
4.接种时无菌操作不严，“病从口入”。
二、白筒
接种后7～10天进入发菌期，菌袋表面白色菌丝走势稀疏纤弱，香灰菌丝不明显。菇农俗称“白筒”。白简直接影响出耳，有的幼耳长到棉塞大小时停止不长。其原因大体有几方面：
1.制袋期气温过高，配料装袋量过大，料袋上灶时间拖长，有的过夜上灶，引起培养料酸变，p H降至4～ 4.5，菌丝无法正常吸收分解养分。
2.料袋灭菌没透心。接种后前期菌丝可以生长，进入中期伸入袋内后，无法分解吸收未透熟的培养料，以致停顿，香灰菌丝也就无法分泌色素便成白筒。
3.料袋排场散热没到位。尤其是底层料袋密集于室内，散热慢，如果袋温没降至30℃以下时进行接种，极易导致菌种受热灼伤，致使发菌时菌丝长势不良。
4.发菌叠袋过分密集，室内通风不良，严重缺氧。有的因发菌室小，菌袋集堆过密不透气，菌丝增殖困难。
5.发菌期遇低温，没及时加温处理，使袋内香灰菌丝不适应，发育缓慢。
