菌种生产中的最主要环节是灭菌，这也是菌种生产中的必备环节，灭菌效果的好坏直接影响菌种质量和生产节奏。
灭菌主要分为常压灭菌和高压灭菌，常压灭菌灭菌时间长、容易出现灭菌不彻底、灭菌不均匀现象，常压灭菌简单，设备投入便宜；高压灭菌速度快、灭菌彻底、效率高，但灭菌设备较贵。无论是常压灭菌还是高压灭菌，整体结构布局均可分为：蒸汽发生部分、灭菌舱体部分、连接部件和监控部件组成。
灭菌过程是通过水蒸气携带热量在待灭菌的菌包之间发生热交换，使菌包内外的所有微生物彻底死亡的过程。蒸汽发生部件可以整合在灭菌舱体之内，也可以单独通过锅炉实现。锅炉的种类繁多，有常压锅炉、微压锅炉和高压锅炉。常压锅炉结构简单，价格也是比较便宜的，可燃材料包括煤、木柴等，使用较为便捷，低海拔下的温度可达到100或略高一点。微压锅炉的密封性和蒸汽产生压力比常压要高，可以到达微压，实现温度100-110℃左右的温度；高压锅炉的特种装备，烧锅炉的工人需具备司炉证，实际菌包灭菌中使用的锅炉属于高压锅炉中的低压型锅炉设备，蒸汽压力达到0.3Mp（3Kg）以上均可，灭菌灶的蒸汽压力通常在绝对压力0.14~0.24Mp之间，即可实现温度110~126℃之间。在灭菌中可直接调节温度控制来实现。
灭菌舱体：灭菌灶的称呼很多，如传统的蒙古包、船体灶、船型灶、灭菌柜等，主要是灭菌舱体的形状不同而对应的称呼，这在常压灭菌中是比较繁多的。所有结构要实现的是将菌包堆砌在一个可相对保温的空间内实现灭菌。高压蒸汽灭菌锅主要所提供的是硬质钢材结构的一个空间，确保蒸汽在该空间内有一定的压力而实现高温的目的。高压蒸汽灭菌锅的形态主要有圆柱体、箱体两种，平分秋色，各具一定市场。一些高压灭菌锅将锅炉的功能直接整合在灭菌箱体内部，免去单独锅炉的投入，是非常经济和效率的一种设计，这在圆柱形高压灭菌锅中比较常见。
链接部件和监控部件：连接部件主要是电力、水路、蒸汽管道等。监控部件包括锅炉水位监控、蒸汽管路的监控、灭菌舱体温度压力监控等。这是锅炉工需要经常查看的地方，确保整个过程安全进行。
常压灭菌中，灭菌要求是灭菌灶内最不容易升温的地方温度达到98℃以上，维持一定时间，这里的时间与灭菌灶整体灭菌量、菌包排列的松紧程度有关，通常按温度达到预设后不低于14-18小时为宜。整个灭菌过程中，注意前期升温阶段需要大火猛攻，使灶内温度快速越过30-60℃，该温度下停留时间过程，菌包容易酸败，影响后期的发菌；也可在60-80℃之间维持一定时间，使温度均匀渗透在灶内的每一个角落，再大火至预设温度开始计时。海拔高低不同，灭菌灶中的温度不同，通常1000m以上的地区不适合常压灭菌，温度很难维持98℃以上，灭菌效果大打折扣。
高压灭菌根据灭菌灶的种类和厂家不同，参数略有不同，通常分为升温-保温-高温-保温-降温几个阶段：快速升温到100-105℃，进行放冷气，之后继续升温至110-115℃，维持30分钟，目的是灭菌灶内的热气穿透菌袋；再继续升温至121-126℃维持2.5~3.5小时，这是主要灭菌阶段；灭菌阶段之后，降温至121-110℃之间保持30分钟到1小时，用余温增进灭菌效果，达到彻底灭菌的目的。灭菌后的菌包或瓶子需要在冷却间或洁净的环境下冷却，之后转入后期接种环节。
羊肚菌生产中，母种需求量不大，且质量要求较高，所涉及的菌种制备环节必须使用高压蒸汽灭菌进行。原种生产过程中，也大多采用高压蒸汽灭菌，灭菌速度、效率可以得以保证。实际生产中，栽培种分散到不同基地进行，基地之间硬件投入不同，灭菌种类各异，常压、高压灭菌装备均有。外援营养袋的生产量较大，需要在短时间内全部生产完毕，常压灭菌可以自由调配，因此也有大量应用。（羊肚菌博士）
