在食用菌栽培中，如农药使用不当，会使产品安全受到很大影响。为了生产出放心食用的食用菌，必须掌握安全使用农药的几个原则。
一、预防为主，防治并重。
在食用菌生产中，预防的效果远远优于只治不防。在生产中一般可采用药物高温闷棚，在撤除棚外草苫等覆盖物后，对棚内杀菌药物，然后密闭通风口，使之接受日晒，在高温作用下，发挥药效杀灭病菌。另外，在高温条件下，药物释放和分解也更充分，可大大减少药物的残留量。若是新建菇棚，用药1次即可达到消毒杀菌的目的。
二、对症下药。
在生产中，食用菌发生的病虫害种类多，要根据病虫种类对症下药防治。如发生眼蕈蚊、粪蚊，可喷500倍敌百虫防治；敌敌畏具有熏蒸和触杀作用，对菇蝇类的幼虫、成虫和跳虫有特效，但对螨虫杀伤力差；平菇对敌敌畏敏感，浓度稍大就可能产生药害，因此平菇治虫最好用敌百虫或辛硫磷；双孢菇对敌百虫敏感，治虫最好用敌敌畏；若有蚊蝇类和螨类害虫同时在食用菌上发生时，用辛硫磷和杀螨剂混配效果好。此外，对菇蚊、菇蝇还可以配制糖醋液诱杀，按高度白酒、糖、醋、水1∶2∶3∶4的比例配好后，加3～4滴敌敌畏盛于容器里，成虫趋味飞入即可被杀死。
三、菇期禁用的农药。
食用菌栽培周期短，药物容易残留引起食物中毒，进而对产品的流通和消费带来严重影响。因此，应严格禁用剧毒、残留期长的有机磷、有机汞类药剂。常用的杀菌剂有百菌清、多菌灵、百病傻、甲基硫菌灵、中生霉素、宁南霉素、克霉灵、代森锌、甲基托布津、波尔多液、石硫合剂、石灰水、来苏儿等，常用的杀虫剂有辛硫磷、敌百虫、敌敌畏、杀灭菊酯、克螨特、磷化铝等。
四、浓度要适当。
要根据食用菌发生病虫的种类、食用菌不同的生长阶段，合理选用药剂种类，然后确定用药浓度。一般在播种前对堆料及菇房物料消毒杀菌时，用药范围可宽一些、用药浓度也相对大一些；播种后及出菇前用药要控制在安全范围之内，子实体阶段用药则浓度要更低一些。
五、出菇加工环节用药安全。
在出菇过程中，食用菌菌丝体生长需要丰富的营养，可以根据情况补充营养液，但营养液选择要适当，如蘑菇可用磷酸二氢钾、硫酸镁、葡萄糖等，使用浓度为0.05%左右，每平方米每次用量约0.5公斤。出菇采收后，绝不可用焦亚硫酸钠，或者使用硫黄熏蒸、加工、护色和漂白。否则，产品含硫会超标。采用食盐进行漂洗、护色即可。对食用菌病虫害防治，奥丰源农化建议使用杀虫杀菌烟剂防治，高效环保无残留。
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