生产种也叫栽培种，由原种繁殖而成的。生产种直接用于生产栽培，故使用量较大。生产种的制作方法与制作原种基本相同。但不同食用菌种类之间生产种的培养料差异较大。如段木栽培的木腐菌的生产种多用木屑料拌入小木段，以后用长满菌丝体的小木段直接插入段木接种。麦粒种和草料种用瓶装或耐高温的塑料袋装都可以，因为用种量大，一般装料量比原种瓶多一些。麦粒、草粉种用接种匙接种，木段种和草料种用镊子接种较方便。一般生产种接种量大，同一批次的菌种最好在2小时内接种完毕，因此安排双人接种较好。
接种时严格按无菌操作规程进行。要把原种上层的老菌皮、气生菌丝去掉，然后接种。生产种用塑料袋的，最好把塑料袋逐个用75%酒精擦干净，检查是否破损才接种，而且不能象玻璃瓶那样在酒精灯上烧口，不要把原种撒在袋口或胶圈上，以免沾污棉塞。每瓶原种一般可接50—80瓶或袋生产种。如果发现在原种瓶或袋颈或上部有小量污染，又不能掉弃，可用酒精抹干净整个瓶，再用小锤子从瓶底打开原种瓶，轻轻取底部的原种进行接种，用至离污染点5厘米距离的部分为妥。
生产种的培养方法与原种相同，生产种的后期温度可比原种还要低摄氏1—2度，这更有利菌丝生长。如用塑料袋的生产种，翻动时要小心，避免造成后期破损而污染。生产种的使用时间与原种相同，但比原种的时间更短为好。
生产种可用液体培养而成。因为投资较大，而未能大量铺开。液体种在工业化、机械化程度高的部门有明显优势，而且便于控制菌丝的生长发育。
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