在草菇生产过程中，常可见到成片的小草菇萎蔫死亡。究其原因，主要有以下几种：
1.通风不良草菇属高温好氧性真菌，菇农为了提高棚内温度，往往延长覆盖时间，致使棚内二氧化碳积累过多致使小草菇缺氧而死。但通风量太大，水分容易散失，也不利于草菇的生长。为解决这一矛盾，应在播种后的4天内，每天上午10点左右通风半小时，随着菌丝量的增多及针头菇的大量出现，通风时间要逐渐延长到每天2小时。
2.气温骤变草菇属恒温结实型食用菌。菌丝生长的适宜温度为30℃-39℃，低于15℃或高于42℃停止生长。子实体生长温度范围为28℃-33℃，20℃以下的低温或45℃以上的高温都会使小菇蕾萎蔫死亡。因此气温低时要采取双层覆膜等措施保温，盛夏酷暑要注意喷水并搭棚遮阴降温，尽量减小菇房内的温差。
3.湿度不宜水分是影响草菇生长的重要因素。水分不足，菌丝体生长缓慢，子实体干枯死亡；水分过多，则会使菇床通风不良，造成大量烂菇、死菇。因此要掌握适宜的湿度，一般培养料的最适含水量为70%，菌丝体生长期空气相对湿度为80%，子实体生长阶段空气相对湿度保持在90%较为适宜。
4.水温不适草菇生长不仅需要大量的水，且对水温有严格的要求，如喷洒低于23℃的水或40%以上的水，第2天幼菇就会全部萎蔫。因此喷水要在早晚进行，水温以30℃左右为好。
5.环境偏酸草菇喜偏碱性的生长环境，当培养料偏酸时(pH值6.5以下)，就难以长成菇且易受到杂菌的侵染。故配料时加入的石灰量要达到5%，每采完潮菇后要喷1%的石灰水或4%的草木灰水，提高pH值。
6.采摘粗心采摘时，不要碰摸正在生长的幼菇，如草菇密集丛生，要等到大部分草菇符合标准时一起采下。正确的采摘方法是：一手按住草菇的生长部位，另一只手将成熟草菇扭转提起，减少对幼小草菇的损伤。
7.病虫蔓延栽培管理不当，会导致病虫害大量发生。培养料含氮量过高时，鬼伞大量出现，和草菇争夺培养料中的养分，造成草菇死亡，所以配料时要控制含氮量。用玉米芯、麦秸、稻草作主料时，应添加5%麸皮或4%发酵腐熟的畜禽粪。用含氮丰富的棉子壳作主料时，可不加氮源，但要注意控制螨虫危害。螨虫发生后培养料内的菌丝很快被吃光，床面幼菇大量死亡，在拌料时喷洒800倍液的敌敌畏或敌百虫，防治效果较好。当料面上出现霉菌时，在污染区撒一层生石灰粉，同时加强通风降湿，抑制杂菌蔓延，保证草菇生长。
