香菇在反季节栽培中，往往因生产条件的调控不到位而产生畸形菇，影响菇品的商品质量及其价值，使生产效益大打折扣。畸形菇的主要表现及防治措施为：
1、菌盖小而薄：表现为菌盖既薄又小，即使菇龄较长也无法长大，鲜食时没有香菇的特殊香味；其发生原因一是没有完成转色，花菌袋或白菌袋即进行出菇；二是基料营养明显不足；三是生长的温度偏高。防治办法：没有转色的菌袋，一定要调控条件进行转色；如果基料营养不足，则可在浸泡菌袋时予以适当补充，也可采取“叶面施肥”的办法，比如喷洒食用菌三维营养精素，即可有效加厚菌盖厚度；夏季气温较高，应采取有效的降温措施，如果采用“水冷空调”，效果较好。
2、菌盖灯罩形：菌盖呈尖头的灯罩形状，并且明显薄，商品质量严重下降。主要原因与上述相同，因此，可参照上述进行防治。
3、菌盖波浪形：菌盖边缘呈较规则的波浪形状，亦明显较薄、较脆。发生波浪形主要与幼菇发育阶段接受了较大温差的时候，同时环境的湿度变化亦很大，尤其当大水直接喷淋于菌盖时，很快就有较大风流吹过，而使得菌盖组织发育不正常。防治办法是发生菇蕾后，应保持较平和的温度和湿度，尤其夏季反季节栽培时，菇棚的温度往往是决定子实体能否正常发育的基本条件。
4、菌盖不周正：具体表现为菌盖别三扭四，或狭长、或三角等等，总之，不圆整是其主要特征。发生原因主要是幼蕾阶段没有及时切开塑膜，使其菌盖直接顶到塑膜上接受了一定的摩擦，或者菇蕾发生比较多，没有及时疏蕾处理，待长至幼蕾阶段，菌盖分化后挤在一起，只要幼时菌盖受挤压，则永远不会再重新圆整。防治：及时割膜，并进行疏蕾处理，一般只选1～2个幼蕾，勿使过多。
5、菌柄空心：菌柄细长、空心，导致菌盖也很小，主要是基料含水率过低以及空间湿度太小等原因所致。防治措施：每采收一潮后，即应进行泡袋处理，一般浸泡24小时即可使之恢复原重，保持菇棚空气湿度在85%以上。
6、菌柄从裂缝中长出：菌袋含水率过低时，基料开裂，形成狭长的裂口后，即可有子实体从裂口内长出，有的甚至没有完全钻出来，菌盖就在裂口内长大，最终也无法实现其商品价值。防止办法是坚持菌袋浸泡处理，不使其形成裂口。
7、菌柄扭曲：菇棚空气湿度偏低、光照较强或光线角度变换过频时，易发生该现象。防止办法是保持相对稳定的空气湿度，并保持较稳定的光照，一般要求有1000勒克司的散射光即可满足。
8、蜡烛菇：蜡烛菇的特征就是光秃秃的菌柄上，没有正常的菌盖组织，形似蜡烛。发生原因，一是菇蕾阶段菌盖组织受损，二是棚内二氧化碳浓度过高。防止措施：及时割膜；疏蕾时注意不要伤及欲留蕾；坚持较好的通风，保持棚内较清新的空气条件。
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