将接种后的菌棒移入培养室，按 “井”字形堆放，接种孔朝向需留空隙，上层的菌棒不可压着下层菌棒的接种孔。早期的灰树花菌丝比较稀疏、纤细，菌丝生长的末端不整齐，在较适的温度条件下培养 10天左右，菌丝才会逐渐变得浓白。灰树花的菌丝生长最适温度为20－26℃，温度偏高或偏低均应进行人工调节。灰树花菌丝生长无需光照，在黑暗条件下菌丝生长良好，强光照反而易诱使菌丝产生黄水，因此培养室应尽可能遮光，以保持弱散射光为宜，特别是避免阳光的直接照射。
翻堆、剔除受杂菌污染的菌棒和通风降温是培菌管理的主要工作。接种后10天进行第一次翻堆，接种后 20天左右进行第二次翻堆，这时灰树花菌丝的生长已达到最旺盛的时期，应做好散堆降温工作，以免烧菌。当培养室内的温度在26℃以上即要加强通风，并在地面洒水降温；当培养室的温度在20℃以下时，则应做好加温和保温工作。在培菌阶段，对空气湿度的要求不甚严格，一般是以60％以下的较低空气相对湿度为好。在较适宜的温湿度条件下，经35－45天的培菌管理，菌丝可长满全段。
在培菌管理阶段的另一项重要工作是要根据菌丝生长情况进行刺孔通气，以满足菌丝生长对氧气的需求，排出CO2等废气。一般进行两次刺孔通气，第一次在接种孔菌丝长至直径8cm左右时进行，在距菌丝生长末端1-2cm处均匀刺孔4-6孔，第二次在菌丝长满全袋后4-5天进行，每个菌棒上均匀刺孔25-30孔。刺孔一般采用半寸铁钉，要求所刺的孔细小，孔深在1cm左右。
菌丝长满全袋后，再经过10-20天左右的培菌，当环境温度已处于适宜灰树花子实体生长的温度（20℃左右）条件时，即可开始进入出菇管理。
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