食用菌产业已挤身我国农业六大产业，年产量达１２００万吨以上，全国食用菌栽培面积以每年１５％的量持续增加，其中中温型和高温型品种数量增长，病虫种类增多，侵害程度加重。据全国多点病虫调查和分析，２００６年食用菌病虫发生量和危害程度将在２００５年较重发生的基础上进一步加重，各地应提早预防，减轻危害。
据调查，２００５年病虫害发生种类多、受害严重的食用菌有双孢蘑菇、秀珍菇、灰树花、茶树菇、平菇、鸡腿菇、滑菇、草菇、黑木耳、姬松茸、灵芝等品种。
主要病虫害有以下几种：
菇蚊侵害食用菌的菇蚊有多种，如多菌蚊、闽菇迟眼蕈蚊、小菇蚊等，其中蘑菇、灰树花、姬松茸、平菇、秀珍菇、黑木耳、滑菇等中低温品种受害严重，杏鲍菇、鸡腿菇、毛木耳、大杯蕈、金福菇等品种受害程度较轻，发生区域遍及全国各食用菌栽培区。由菇蚊侵害造成的产量损失，因品种和防治措施而异，如茶树菇受害率达８５％，产量损失１０％～３０％；秀珍菇受害率达７０％，产量损失１５％～２０％；姬松茸受害率达６０％，产量损失１０％～２０％；双孢蘑菇、黑木耳和毛木耳受害率５０％，产量损失１０％～１５％。
螨虫侵害食用菌的螨虫因地域差异出现的种群有所不同，福建、浙江等菇场以有害长头螨和兰氏布伦螨为主，江苏、安徽、四川和山东等地以腐食酪螨和上海嗜木螨为主。螨害在种植３年以上的菇房内普遍发生，其中地表层栽培的蘑菇、金针菇受害最为严重，其次为茶树菇、草菇、灵芝、姬松茸、毛木耳等品种。由于用药不当，菇房长期使用无杀螨作用的杀虫剂，虫源经多年的繁殖已成暴发趋势，２００５年全国双孢蘑菇螨虫危害率达６０％以上，产量损失１０％～２０％以上，江苏局部地区的金针菇、草菇、茶树菇在菌种生产期受到螨虫侵害而报废。
蚤蝇受蚤蝇危害严重的食用菌品种有高温出菇的平菇、秀珍菇、姬松茸、高温蘑菇等品种，江苏、浙江和安徽等省局部地区高温平菇菌丝被食尽后造成绝收。
线虫线虫是近年来在蘑菇等草腐性品种中发生面积和危害程度快速上升的害虫之一。由于防治药剂选用不当使之由弱势种群发展为优势种群，全国各区域的蘑菇普遍受害，产量损失１０％～３０％，甚至绝收。
疣孢霉蘑菇受害普遍，在连续种植３～４年的菇棚内发生量大，受害严重，疣孢霉已成为制约我国蘑菇进一步发展的重大障碍。全国各蘑菇产区均出现疣孢霉病害，受害率达６０％以上，产量损失１０％～３０％。
细菌性病害在高温高湿和栽培密度大的菇棚中表现突出，受害严重的品种有春蘑菇、平菇中的黑色品种、金针菇，其次有黑木耳、毛木耳、滑菇等品种，病菇出现褐斑、黑斑、畸形和腐烂等症状。
粘菌此病近年来呈上升趋势，在平菇、茶树菇、滑菇、毛木耳等高温期出菇的品种上危害严重。
