我们根据食用菌菌种制作方式的不同，可以将食用菌菌种分为固体菌种和液体菌种两大类：
一、固体菌种
母种→原种→栽培种
1、母种
母种：在试管或平皿琼脂培养基上生长的纯菌种称为母种，因为是用试管制作 的，也称之为试管种，因为是最早一级的菌种，也称之为一级种。
试管的规格一般为22mm×220mm、20mm×200mm、18mm×180mm三种，如果采用液体菌种建议使用18mm×180mm，封口用棉花或硅胶塞。
平皿的规格为直径90mm，封口用Parafilm封口膜。
为了扩大生产，母种可以转接成更多的母种，叫做母种的扩繁。在各级菌种中，母种的纯度最高，决不允许有杂菌污染。衰老和退化的母种也不能投入生产，出现不纯或者退化的母种要进行提纯和复壮，提纯和复壮不能达到效果就应该淘汰。母种的来源有两种，一种是从科研单位及菌种生产机构购买的，一种是组织或孢子分离后经出菇试验确认遗传稳定和高产的母种。
母种培养时间：7-10天，不同品种有差异。
2、原种
原种：原种是母种的菌丝体转接到棉籽壳、玉米芯、木屑或高粱粒、麦粒、枝条等固体培养基上培养而成的食用菌菌种，也叫做二级种。原种制作的容器有：500ml罐头瓶、750ml罐头瓶、点滴瓶、专用菌种瓶等，罐头瓶封口用菌袋裁成见方封口，点滴瓶用棉花封口。
原种的用途是扩繁栽培种用的，即母种→原种→栽培种→栽培袋，也可以用原种直接转接到栽培袋中，即：母种→原种→栽培袋，这样不仅能够缩短菌种制作周期，也能更好的保证菌种纯度。
原种培养时间：20-30天，根据制作容器和品种不同而有差异。
3、栽培种
栽培种：原种经过转接扩大繁殖后称之为栽培种，栽培种用于转接栽培袋，是生产中使用量最大的食用菌菌种，也叫做三级种。
三级种制作的容器有：500ml罐头瓶、750ml罐头瓶、点滴瓶、专用菌种瓶等，除了这些和原种一样的容器，栽培种使用最多的是15cm×30cm、17cm×33cm的折角袋，封口用棉花或者专用的无棉盖体。
栽培种培养时间：20-30天，根据制作容器和品种不同而有差异。
在制定栽培计划时，计算好各级菌种的生长时间，做到菌种刚长好时使用，这时菌种活性强、纯度高。
二、液体菌种
母种→摇瓶菌种→发酵罐菌种
1、母种
液体菌种的母种和固体菌种的母种制作工艺相同
2、摇瓶菌种
摇瓶菌种：是指用三角瓶做容器，接种后在摇床上培养的菌种，摇床分为旋转式摇床和往复式摇床。
三角瓶有直口和斜口两种，我们通常使用直口三角瓶。
摇瓶菌种的培养时间是5-10天。
3、发酵罐菌种
发酵罐菌种：是指用专用的食用菌液体菌种发酵罐培养的液体菌种。
发酵罐菌种的培养时间是5-10天。（平泉食用菌）
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