黑霉菌学名为Alternaria spp.，又叫链格孢霉菌，是草菇、蘑菇、平菇等食用菌菌种生产和栽培过程中常见污染杂菌之一。其适应性强且分布广泛，常生存在有机物质上。
症状 基物被污染，上长有黑色或墨绿色的绒状，最后导致培养料呈黑色腐烂，抑制菌丝的生长。与黑曲霉菌的差异为：黑霉菌呈绒状或带粉状，黑曲霉菌的菌落呈颗粒状，粗糙，稀疏。链格孢霉又称黑霉菌。
病原 该病菌属于半知菌亚门，在马铃薯蔗糖琼脂培养基上菌落为黑色，分生孢子由多个细胞构成，有横膈膜和纵隔膜，呈黑色或黑褐色，单生或多个串生。
发病特点 黑霉菌种类多，有些种具有一定的寄生性，多生存在土壤、空气和作为培养料的各种有机质上。病菌分布广泛，分生孢子成熟后漂浮在空气中，培养料灭菌不彻底，含水量过大，操作过程不规范，均有利于黑霉菌的生长。
防治方法
（1）菇床远离牲蓄粪等含有有机物的物质。
（2）控制菇房温湿度，保持适当的环境卫生，破坏病菌的生存环境。
（3）选用新鲜干燥无霉变的原料作培养料，在拌料时麦麸和米糠的用量比例控制在10%以内。
（4）拌料时用干料重量的0.2%的25%或50%的多菌灵或干料重量0.2%的甲基托布津拌料。
常用药剂 多菌灵、甲基托布津。
