一、短期贮存法
1、清水浸泡法:采收的金针菇以每把1公斤扎成小把，浸没在符合饮用水卫生标准的清水中。可保鲜1-2天。
2、盐水浸泡法:鲜菇用0.5%-l%的食盆水浸泡15-30分钟，捞起，沥干，用无毒塑料袋密封包装。可保鲜3-5天。
3、药剂处理法:金针菇漂洗后用0.1%-0.25%焦亚硫酸钠溶液浸泡10-20分钟，捞起，沥干，用塑料袋密封包装。在室温下可贮存6-10天(食用或深加工时，用清水或浓度0.05x10（-6）的柠檬酸溶液将菇体漂洗干净)。
二、长期贮存法
1、腌制。利用食盐或食糖的高渗透压，杀灭腐败微生物。腌制又称为盐渍或糖渍，方法如下。
(1)盐渍金针菇
将金针菇清洗、去根除杂后，按上法用食盐水或焦亚硫酸钠溶液处理。然后煮制10-15分钟。再用12波美度的食盐水腌3-6天。倒缸后用25波美度食盐水腌2-3天即可。此法可基本保持金针菇原有的色、香、味和营养成分。
(2)糖渍金针菇
将金针菇清洗、去根除杂后，用0.5%氯化钙和0.1%焦亚硫酸钠浸泡20-30分钟。接着在40%糖液中煮10-15分钟，并冷浸6-10小时。再在65%-68%的糖液中煮10-15分钟井冷却24小时。干燥后粘上糖粉，用食品塑料袋密封包装，即为金针菇蜜饯。
2、干制。分为自然干制和人工干制两种。
(1)自然干制法。将菇体洗净，上蒸笼蒸10-15分钟。然后以2-3厘米厚度摊放在竹筛或席子上晒至含水量12%以下。翻动时要顺次轻拿轻放，以免折断菇体。
(2)人工干制法。以采用远红外线和微波干燥法为宜。其产品外观、营养成分都优于传统的烘房、烘箱干燥法。但干燥温度不要超过70摄氏度。干品含水量应在12%以下，并用无毒塑料袋包装密封。
3、罐制。金针菇清洗、去根除杂后，用98℃热水漂烫5}8分钟。然后用2.5%食盐水和0.05%柠檬酸混和液装罐，经排气密封，杀菌，冷却后即为成品。
此外，还可将金针菇加工成酱菜和饮料等制品。
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