羊肚菌种植过程中有一个问题是草比较茂盛，当草过多的时候，明显影响羊肚菌的生长发育，如下面这样的图片，采摘羊肚菌也变成了找羊肚菌。产量可想而知。
茂盛青草的危害除羊肚菌生长的干湿环境无法控制外，还会因通风不良造成的羊肚菌菌柄较长，菇质下降。此外，大量的青草营造了湿润的环境，青草内部藏匿着大量的蛞蝓或蜗牛，在不知不知觉中就啃食着羊肚菌，因此，杂草旺盛的地里往往不会有多高的产量。
除草最容易想到的办法是除草剂，而除草剂和羊肚菌产量之间是否有害，是很多人都在关心的问题，这里根据生产经验简单说明一下：
首先，目前还未有关于除草剂浓度和除草剂喷施时间对羊肚菌发菌或产量以及菇子农药残留的研究数据，这里仅做一些建议性说明。
1. 出菇环节是禁止任何农药喷施的，当然包括除草剂。农药喷施到羊肚菌菇子上之后，很快会被菇子表面吸收，部分农药会造成细胞损伤，引起菌菇畸形；重要的是，从菇子到采摘，短的生长周期内，羊肚菌根本无法代谢掉喷施的农药，羊肚菌上肯定遗留喷施的农药，这无论是自己食用还是流通，都是危险的。毕竟种菇的人和家人都是自己要先吃一些的，为了你和家人的健康，为了羊肚菌产业的永续发展，杜绝在出菇环节喷施任何农药。
2.出菇时间发生茂盛的杂草除了人工除草外，是没有其他办法的，但此时的杂草肯定是早期处理不当造成，我们可以从源头把控减少杂草的危害。如在播种前，土地提前翻耕，通过2-3次的翻耕，即可很大程度的减轻杂草的危害；此外，播种之后，使用黑色地膜覆盖，通过黑膜遮蔽阳光，可很好的控制杂草生长。这里强调一下地膜的使用，羊肚菌种植中的覆膜技术是非常经济实惠的技术，在除草、避雨、保温、保湿等作用上，任何一个要点需要，都建议使用地膜，地膜一亩地的使用总费用不超过100元，而一个作用要点有用即可收回成本。
3. 播种前，田地杂草过多，可合理使用除草剂。要求是，播种前1个月以上进行喷施；经过一个多月的衰竭，除草剂药效已经丧失，对羊肚菌已无大碍；在喷施时，按照除草剂说明，用最低浓度喷施即可。
4. 最后，期待科研部门跟进对除草剂和羊肚菌关系的研究，可行的研究方案有：除草剂类型、喷施时间、使用浓度对羊肚菌长速、发菌、产量的关系；除草剂的使用时间和类型与羊肚菌菇子农药残留的关系。
