发菌期间常见的主要有绿色木霉、曲霉、毛霉、链孢霉等杂菌，一般可采取百病傻与赛百09等药物交替喷洒菇棚的消杀办法，发菌期间每3~7天喷洒一遍上述药物以预防，发现污染菌袋后及时剔出发菌室进行杀灭处理。具体防治办法可参考有关内容，不再赘述。
出菇期间的易发病害
1、斑点病
又称褐斑病，症状表现为：菌盖上分布有大小不一的黄褐色或褐色圆形斑点，严重时斑点下陷呈凹状，有时菌柄上也有不同程度的椭圆形斑点，如果任其发展，15℃左右条件下，约5～7天时间，自菌柄基部表面开始，逐渐有粘性液体渗出，并向上发展至整株、整丛菇体，形成腐烂。处理措施：首先对栽培场所严格进行消（毒）杀（菌），一般可喷洒赛百09或蘑菇杀病灵等药物，间隔2天左右再次用药；其次，菌袋出菇期间，每3~7天喷洒一次赛百09溶液，注意用药目标为墙体和作业道等空闲处，绝对不要喷到子实体上；第三，菇棚内进行喷水增湿时，一定不能喷到菌盖上，可采取遮盖子实体或只喷地面等处的办法；第五，栽培场所内使用的所有工具，在已经与栽培场所进行同步消杀后，不要随便带出去使用，尽量作为专用工具对待；最后，由于金针菇栽培场所的相对密闭性，应在适当控制通风的基础上，拒绝不必要的来人或参观，尤其本地周围相同品种的栽培户，需要进行技术交流时，可将菌袋或子实体带出去进行观察、讨论，以防外菌进入、交叉感染。
2、绵毛病（即棉腐病）
症状表现为首先从菌柄基部开始，如同柳絮或废棉绒状的菌丝，先是覆盖料面，继之顺菌柄向上发展，最后将子实体包围，受害菇体生长无力，菌盖色泽逐渐变深、变褐，继而变软，失去活力，最后腐烂，发病严重时，整个栽培场所的墙体、地面以及菌袋上一片白色，如同进入到棉花加工车间；棉腐病发病中期以后，金针菇菌丝和子实体的代谢能力大大减弱，抗性降低，此时，其它杂菌病害很可能会乘虚而入，导致多病齐来、交叉感染。防治措施：第一，加强通风，降低湿度；第二，采去所有病菇，并同时破坏料面；第三，设法降低温度；第四，喷施百病傻溶液予以杀灭。
干腐病（即根腐病）
主要表现为基料表面有淀粉水溶液状的液体渗出，先是呈液滴，继而封闭料面，量大时液体可在袋口形成积水，染病子实体先是表现半透明状，继之呈白糖液状，停止生长，后逐渐变深、发褐、死亡、变干。处理措施：基料装袋前严格进行水分检查，不使过高；合理安排出菇季节，避开18℃以上温度；普通设施内栽培时，春季应加厚覆盖物，并在中午时分将其喷透水；加强夜间的通风，必要时应进行强制通风；将感病菌袋连同子实体一同移出棚外，采掉病菇，将菌袋浸入到消霉王或百病傻溶液中予以浸洗，置于另外的地方进行观察，确认病菌死亡后，可再度移入菇棚；其它措施可参考斑点病的防治。
菇期的生理性病害
1、边壁菇
菌袋中间部位出菇，第一潮菇多为丛生，严重时可将塑膜撑破，二潮以后则以单生为主，导致料面不能正常出菇，影响产量。处理办法：菌袋浸泡补水；菇蕾发生量多并长大后，可将菌袋挑出，割破塑膜，任其生长。
2、麻花菇
菌柄一般较粗，程度不同的呈弯曲、扭曲，严重时则呈麻花状，商品价值低下，成熟后菌柄纵向破碎，如同一束棉线，失去商品价值。处理办法：管理过程中，尽量不移动菌袋，使其保持较稳定的光照等；适当进行控蕾，或采取疏蕾措施。
3、祖孙菇
同株（丛）子实体中，有粗有细、有长有短，而且差异极大，俨然祖孙数代。处理办法：一是进行搔菌处理，这是主要措施；二是现蕾后，对菇棚进行强制通风，让温度很低且风速较大的通风将幼蕾“吹死”，或将菌袋移出棚外，一夜即可冻死菇蕾，然后再度现蕾，即可整齐一致。此外，还可用类似疏蕾的办法，将菌种上先期发生的幼蕾除去，或者拔掉。
4、针尖菇
菌盖直径小于菌柄直径，而且呈橄榄球尖状，商品价值大打折扣。处理办法：加强通风即可。
