食用菌菌种的概念，原指食用菌的孢子，这里将纯菌丝体连同培养基质一一同叫做菌种。根据菌种的培育过程，固体培育的菌种被分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）。母种是菌种选育后在试管培养基中繁殖而成，用于繁殖原种，也可保藏菌种做种源。原种是母种菌丝在固体培养基上扩繁而成，这个扩繁过程增强了菌丝对培养环境的适应性。栽培种是原种进一步扩繁而成，增加的是菌种的量，原种和栽培种都可以直接出菇。液体菌种是指生长在液体培养基中的菌种或菌丝体。对于液体菌种来说，母种可以直接作为原种使用或用于生产原种，没有了三级的分别，简化了生产工艺。液体菌种生产使用了封闭运行的工业发酵设备，可得到高纯度萌发迅速的菌种，不容易被污染。固体培育的菌种需经过几次的扩繁，扩繁过程中有灭菌、接种、培育等过程，每个环节都容易受到污染。
1. 食用菌菌种生产过程中可能的污染源
1.1 菌种原发污染、接种过程污染
用于扩繁的菌种本身不纯，种源存在污染。种源污染一般都是隐性的，不容易被发现，往往都是在扩繁过程中被发现，繁育的菌种污染普遍，不是某一瓶某一袋的问题，损失一般较大。接种过程污染是由于条件限制，设备简陋，无菌操作不规范，技术性差而造成的污染。
1.2 器皿、材料、培养基质污染
这种污染是由于灭菌过程存在问题，灭菌不彻底，或器皿（袋）破裂二次污染造成的。培养基质料含有单宁或香料类防腐化学物质（杉、松、樟木质含有的醇、脂、醚），造成菌种吃料萎缩，菌丝无法正常生长和蔓延。
1.3 环境污染、技术控制不当造成的污染
由于环境温度高、过于潮湿，各种杂菌容易滋生造成感染，另外就是虫、鼠危害，造成外源性污染。
在培养基质料制作过程中，pH值、C/N比例、水分含量等的不适合，在培养过程中光照、氧气含量、CO2浓度、温度、湿度等条件控制不当，都会造成菌种生长环境不理想，菌种的生理活动受抑制，菌丝不能快速生长占据整个培养基质空间，给其他菌入侵和繁育（菌类竞争）造成条件，从而放大了污染的影响。
2. 食用菌菌种生产关键控制点
2.1 种源的选择、灭菌处理
选择没有污染，菌丝生长健壮的适龄母钟或原种，这样可从源头控制污染。选择适龄母种或原种可保证菌丝在培养基质的快速生长，减小其他杂菌繁殖污染的机会。在接种前除认真检查外，接种时还应弃置部分表层菌种，因为这部分菌种在培养过程中受外源污染几率大，弃置这部分可防止一些隐性的外源性污染源。具体做法是接种最好破开瓶底，从底部开始使用，弃置上部2～3cm表层菌种不用，如从上部开始接种，应当挖掉瓶或袋上部2～3cm表层不用。
灭菌处理是菌种生产的重要一环。灭菌处理包括生产环境灭菌和器皿、培养基质料的灭菌。环境灭菌可采用紫外光照、药物熏蒸、药物喷洒等综合方式，重点是不留死角，同时要保持环境清洁，不留存菌类生存繁育物质条件。器皿、基质料灭菌主要是在杀菌锅内摆放问题，必须保证蒸汽的流动空隙通道，使每个器皿都得到蒸汽的热力“洗刷”。对培养基质的灭菌有2项注意：拌料水分均匀，使基质料水分吸透，不存在局部基质料水分不足问题，可在杀菌前搅拌和闷制，使水分均匀至基质料的任何细微结构，有利于杀菌时湿热的均匀传递，保证全部基质料受热均匀；在杀菌过程中，要充分排除杀菌锅内的空气，防止锅内存在“气包”，气包即未排除的空气包裹了要杀菌的器皿或基质料，形成空气保护层，使蒸汽湿热不能到达和穿透，影响杀菌。高压杀菌结束锅体泄压要缓，防止水汽突然膨胀冲击器皿和基质料，造成基质料膨胀污染瓶、袋口。出锅要适时，防止形成凝结水或基质料由于内部温度高造成表层水分蒸发。
2.2 生产条件控制、生产过程技术控制
菌种生产区域要防虫防鼠，封闭合理，防止外源污染。应有空气调节设备来保证生产温度、湿度、空气新鲜。条件差的应该避开不利气象条件，选择适合的季节及天气进行生产。时刻注意生产环境温度、湿度、光照、空气的变化，采取措施，为菌种培育提供适合条件，使菌丝快速吃料生长，形成茂盛的生长环境，不给其他菌入侵和繁育造成条件。
接种过程严格按照无菌操作规程进行，采用优质袋并在生产过程尽量防止袋的破损，接种要利落，禁止瓶口处沾有培养基质，棉塞松紧要合适，并保持棉塞干燥卫生。培养基质料选取要避免含单宁、香料化合物，合理控制基质料的透气性、水分活度、pH、C/N比例和各种营养添加，保证菌丝吃料快，生长迅速。按时巡检培养的菌种，发现问题及时处理，避免影响扩大。
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