羊肚菌菌种最大的缺点就是容易退化、变异，给羊肚菌栽培带来很大困难。
（一）菌种生产技术要点
菌种生产流程如下：
羊肚菌选择和采集>组织（孢子）分离>提纯培养>出菇试验>优良一级菌种>复壮培养>菌种扩繁>二级菌种接种>培养栽培菌种。
1. 菌种分离
羊肚菌的分离方法与其他食用菌大体相同，采用组织分离和孢子分离。
（1）组织分离
选取成熟、具优良长势的羊肚菌子实体，在无菌环境中用接种针将组织块接入平皿培养基上，获得菌种。
① 培养基制作。配方为马铃薯 200g、葡萄糖 20g、琼脂 18 ～ 20g、磷酸二氢钾 3g、硫酸镁 1.5g、水 1000ml。将培养基装到 500ml 三角瓶中（每瓶装入 200ml），115℃灭菌 30min 后在无菌条件下将培养基倒入平皿中（每个平皿约 20ml），冷却备用。
② 选取头潮、新鲜、健壮、周围幼菇或原基多、朵形圆整、七八分熟的子实体。
③ 菇面用75%酒精棉球擦拭消毒。
④ 切取组织块（菌肉）。用手术刀切开种菇，在菌盖或菌柄内侧用无菌手术刀或尖嘴镊子取 5mm 见方组织块（菌肉）接于培养基上。
⑤ 培养。温箱 18℃恒温培养，2 天后组织 块 萌 发， 待 菌 落 长 到 2cm，用接种针选取最优菌落的先端菌丝接入新培养基，进行尖端脱毒。将菌丝生长快、产菌核适中、产色素少且晚的分离物挑选出来，作为第一代母种保存备用。
（2）孢子分离
无菌条件下，使孢子在适宜的培养基上萌发成菌丝体而获得纯培养的方法。多孢分离的菌株不能直接用于生产，要经过出菇试验。采集孢子有多种方法，如整朵插种菇、三角瓶钩悬和试管琼脂培养基黏附法等，此处介绍整朵插种菇法。
① 选取头潮、新鲜、健壮、八九分成熟的子实体。
② 采集孢子。将按照组织分离方法消毒子实体的整朵菇插入无菌孢子收集器里，在 18℃下培养 2 ～ 3 天后子囊孢子落下，形成孢子印。
③ 孢子分离、培养。无菌条件下，将少量孢子移入盛无菌水的三角瓶内稀释成孢子悬浮液，其浓度以 1 滴水中含 5 ～ 10 个孢子为宜。用接种环取孢子悬浮液在斜面上划线，孢子萌发后菌丝体长在一起。取菌丝块转接新的平皿培养基上，18℃避光培养。选取菌丝生长快，菌核数量适中，产生色素少且晚的培养物用于栽培试验。
2. 母种扩大繁殖及保藏
（1）母种扩大繁殖 选取无污染菌丝优良的试管菌种，用接种针划取带培养基的小块菌种接到斜面培养基中， 一般1支母种第一次扩接15～20支。将转接的菌种放在18℃培养箱中避光培养7天，待菌丝长满试管斜面后备用。母种转代尽量不要超过3代。
（2）优质母种质量标准：菌丝长势均匀，开始是白色，后来慢慢变成黄色，无杂菌污染，表明菌丝生长良好。
（3）母种的保存： 放入冰箱，3 ～ 5℃保鲜层保存，但时间最长不超过 3 个月。
3.原种和栽培种制作
（1）常用配方
① 木屑 30%，稻壳 30%，小麦 20%，腐殖土 20%。
② 木屑 65%，小麦 20%， 白糖 1%， 石膏 1%， 过磷酸钙 1%， 腐殖土12%。
③ 玉米芯40%，木屑 30%，小麦 15%，石膏 1%，过磷酸钙 1%，腐殖土13%。
④ 木屑40%，棉籽壳 30%，小麦 15%，石膏 1%，过磷酸钙 1%，腐殖土13%。
以上每个配方最后都需要加原料用量1%的石灰。
（2）制作方法
小麦浸泡或煮涨，木屑发酵3个月以上，再加入煮涨的小麦、湿土及其他材料，将配方混合均匀后，加入清水，使含水量达 55% ～ 65% 时即可装料。原种一般采用 500 ～ 750ml 的玻璃瓶，装瓶要求上下松紧一致，用薄膜封口就行。栽培种一般用（15 ～ 18）cm×33cm 的聚丙烯折角袋装料，无棉盖封口。高压灭菌在1.5MPa下 维 持 4h， 常压灭菌在100℃以上保持10 ～ 12h，注意灭菌时间不能过长，压力不能过高，否则会破坏其中的养分。
（3）培养在无菌条件下，每支母种可接原种 3 ～ 5 瓶，每瓶原种可接 40 ～ 60 袋栽培种，接种后放在 18 ～ 22℃条件下暗光培养。3 天菌丝开始萌发吃料，10 天菌丝可布满培养基表面，15～ 20天可长满。在培养期间要尽量避免强光刺激，菌龄不超过 30 天为好。合格的羊肚菌菌种应该菌丝生长均匀、迅速，无污染 ；在瓶肩部或料与瓶的缝隙处产生菌核，菌核初期白色，后期为金黄色至浅褐色的颗粒状。菌丝太弱、菌丝老化、含杂菌者不能用。
（二）营养袋制作
（1）营养袋规格
营养袋有2种规格，一般用12cm×24cm 或 14cm×28cm 的折角袋装料。
（2）营养袋配方
营养袋的配方很多，以下配方供参考：
① 稻壳 40%，小麦 60%。 另 加 占 总 料 1% 的石灰。
② 玉米芯 30%，稻壳 20%，小麦 50%。另加占总料 1% 的石灰。
③ 木屑 30%，玉米芯 20%，小麦 40%，麸皮9%，过磷酸钙 1%。另加占总料 1% 的石灰。
（3）制作方法
原材料的预处理方法和做菌种时一样，将配方混合均匀后，使含水量达 55% ～ 65%时即可装料。将装好料的营养袋用专用扎口机或者塑料绳扎口，然后装入编织袋或筐内，放入灭菌柜内灭菌。高压灭菌在 1.5MPa 下维持 6h，常压灭菌在 100℃以上保持18 ～ 20h，灭完菌冷却后使用。
