接种成活率低
原因：菌种过于老化或菌龄不足，尤其是母种接原种时，如遇培养基水分偏低，接种面水分损失严重时上述现象尤为明显。
解决的办法是：选用适龄优质母种（原种），注意观察母种（原种）菌丝走势，了解选用菌种的生产日期及配方等，配制培养基时要精确把握含水量，不可急于装瓶装袋，装瓶装袋过程中也要经常测量培养基的水份，防止培养基水份不足或过量，从而造成“干袋”和“水袋”现象。
发菌速度缓慢
发菌期温度过高、培养基湿度过高、装袋过紧、母种（原种）质量差。香菇菌种制作一般于6月底7月初，发菌期正处于7-8月的高温季节，如遇连续高温30℃以上，香菇菌种发菌速度明显减慢甚至停滞，这时需要采用空调降温以促进香菇菌丝的正常生长；配制培养基时要精确把握含水量，不可急于装瓶装袋，装瓶装袋时要注意松紧适宜，装得过紧影响培养基的透气能力，造成缺氧而发菌缓慢；选用母种（原种）时要确保菌种质量。
制袋接种成活率低
香菇菌种接种成活率及发菌速度正常，但在使用后，制袋成活率低。可能的原因有：香菇菌种老化或菌龄不足、菌种培养料配方不合理、菌种装瓶或装袋过松、制袋过松、人为操作失误。
解决的办法：及时使用已成熟菌种（如暂时不用可冷藏10-30天），制作菌种时应选用适合的培养料，精确称量各配方重量，装瓶或装袋不可过松，菌种过松在制袋接种时可造成菌种散碎，严重影响制袋时的接种成活率，制作栽培袋时不可过于松散，栽培袋过松影响接种的成活率，人为接种不熟练也影响菌种的成活率。
总而言之，香菇菌种制作过程中，只有对配料、装瓶（袋）、灭菌、接种、发菌管理等环节正确把握，对含水量、装料松紧度、发菌温度等需要精确把握，才能生产出优质的香菇菌种，为生产制袋打好基础。
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