一、选址原则
一个理想的菌种厂，应选择在交通便利、地势高燥、水电齐全、环境洁净、空气清新的地方，并有充足的空地以供堆放和摊晒原料，尽量避免与畜禽圈舍、饲料仓库及排放“三废”的工厂等污染源为邻。
二、菌种厂的规模
应该根据当地的食用菌生产和市场状况，结合菌种厂自身的设施条件和技术水平，制订出菌种厂的总体规划，确定适度的规模。
一般来说，菌种厂的规模，可根据生产菌种的数量，分为大、中、小型三类。大型厂年产菌种50万瓶以上；中型厂年产10万~50万瓶；小型厂每年生产10万瓶以下。目前我国的菌种厂以小型者居多。
三、菌种生产车间部分布局
(一)实验室
正规的菌种厂应设有实验室，以供进行菌种的相关研究。实验室要求地面干燥、墙壁整洁、通风透光、水电齐全。实验室内要配备超净工作台(接种箱)、培养箱、烘箱、显微镜、冰箱、天平、空调、常用化学试剂、玻璃器皿等仪器设备。
(二)洗涤室
洗涤室是洗刷菌种生产用的试管、菌种瓶等的场所。要求水泥地面、墙角及拐弯应设计为弧形，四壁由地面起1.5m高应为水磨石或瓷砖墙面，或在石灰墙上涂漆，以便于清洗。室内应有水池、干燥架、工作台、干燥箱等设备。
(三)生产车间
生产车间包括仓库、配料室和装瓶装袋室。
1.仓库
仓库是用来存放制种原料及菌种瓶的地方。要求地面平整，距离装瓶装袋室较近且路面平坦。
2.配料室配料室
是供调配各种培养料的场所。配料室内应该水、电齐全。配料室构造与洗涤室基本相同，要求水泥地面，注意保持地面和墙壁的平整和卫生、清洁、宽敞、无杂物。其主要设备除水池、水龙头外，还要有药品柜、工作台、衡量器具、拌料用具等。
3.装瓶装袋室
装瓶装袋室是将拌匀的培养料装入菌种瓶或菌种袋的地方，要求环境清洁、光线明亮、通风性好、地面平整。配备装袋机或装瓶装袋机等设备。（雅鑫的花园）
