一、菇蝇幼虫又称菌蛆，主要取食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口还很易被病菌感染而腐烂。防治菇蝇在不同时期应采用不同方法。出菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0．90千克／100平方米的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0．15千克的1％氯化钾或氯化钠溶液（可用5％食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。（烟碱可自制：取0．50千克烟梗，加水 5千克 水煮沸后取溶液喷洒）。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。
二、菇蚊以幼虫期为害最大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。防治方法：采收后喷500－800倍液的敌百虫，同时在菇棚门和窗口处还要加上尼龙纱以防成虫飞入产卵、繁殖为害。
三、菌虱是一种螨类，个体很小，爬行较快，主要取食子实体和菌丝造成危害。防治时首先应杜绝虫源侵入菇棚，因其主要来源于仓库、饲料间的各种饲料里，所以利用仓库、鸡舍等作为养菌室时要彻底消毒，用石灰刷墙，使用前再用敌敌畏熏蒸1次；培养期间发现菌虱可用棉球沾50％敌敌畏悬挂熏蒸或喷施1％硫酸尼古丁溶液，也可用猪骨头等带腥味的东西喷上亚硫磷等农药后放在培养块附近，诱杀菌虱。
四、线虫是一种无色的小蠕虫，体形极小，仅1毫米左右。幼虫侵害菌丝体和子实体，开始时菌盖变黑，以后整个子实体全变黑腐烂有霉臭味。防治方法：蒸料时要使蒸汽充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克／千克的硫化锌喷施培养块来防治其为害。
五、跳虫又名烟灰虫，它具有灵活的尾部，弹跳自如，体具蜡质，不怕水。常分布在菇床表面或潮湿的阴暗处咬食子实体。出菇前发生可用1：1000倍的敌敌畏加少量蜜糖诱杀。或用亚砷酸制剂或有机磷制剂涂于地瓜片上进行诱杀。出菇后一般不能直接使用农药，此时可利用新鲜桔皮0．25－0．50千克切成碎片，用纱布包好榨取汁液，再加入0．50千克温水之后用1：20的比例喷施2－3次，防跳虫有效率达90％以上。
六、鼻涕虫，系软体动物，身体裸露，无外壳。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害，天亮前又躲起来。防治方法：用米糠或豆饼加入2％砷酸钙或砷酸铝制成毒饵诱杀，也可用15－20倍氯化钠溶液地面喷洒驱除成虫。晚上9－10点钟是它们集中活动时期，这时可进行人工捕捉。
七、蓟马成虫黑色，体小，身体略扁，复眼突出，若虫桔红色。其主要吸取菌体汁液，严重时可导致菌体萎缩。防治方法：用40％乐果乳剂1500－2000倍液喷，或90％敌百虫、50％马拉硫磷1000－1500倍液喷雾，防效可达80－90％。
八、蝼蛄用毒饵诱杀效果最好，其配方为敌百虫50克，米糠或麦麸1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合后撒于地面上，蝼蛄、蚊类食后立即死亡。
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