1、菇房消毒
对菇房的消毒既可消灭菇房中的残留的病原菌又可消灭虫卵，尤其是老菇房更要做好消毒工作。熏蒸消毒是菇房消毒的最好方法，先用带有熏蒸作用的药剂如敌敌畏或赛丹对菇房四周进行喷雾处理，然后每立方米用80毫升福尔马林倒入40克高锰酸钾中进行熏蒸，熏蒸时要密闭菇房，2天后打开门窗通风换气24小时再将培养料铺上。
2、覆盖土的消毒处理
蘑菇覆盖土的消毒处理，是预防疣疱霉病、轮枝霉病的最好方法之一，第一批菇发病，覆盖土通常是主要媒介，以后几批菇发病常由气流、喷水、虫害以及操作人员和工具传播分生孢子所引起的。尤其是曾发生过疣疱霉病或轮枝霉病的地方更要在覆土时进行消毒处理。可选择施保功（国家正式登记在蘑菇上）或扑海因（国家没有登记在蘑菇上）来处理，其方法是每平方米的覆土中加50%施保功可湿粉0.8～1.2克，也可选用50%扑海因可湿粉1.2～1.4克兑水1升均匀拌好。或在覆土后5～9天，用50%施保功可湿粉10克兑水25毫升、50%扑海因可湿粉1500～2000倍均匀喷在菇床上，每平方米菇床用药液1升。
4、出菇期间的防治
蘑菇出菇期间，常伴有病害及虫害的发生，尤其是虫害，由于菇房四周卫生不良，门窗没用窗纱，或窗纱网太大，使得外面的成虫往菇房内跑，常造成幼虫为害严重。而蘑菇一旦出菇，每天都得采菇，此时若选用农药不当，势必会增加农药残留量，影响人类健康。此时的药剂选用和防治方法更为讲究。
出菇期间感病的，可用塑料袋套住发病菇，连同病区土壤一并挖出，集中处理，同时应选用高效、低毒、低残留的农药，如用50%施保功可湿粉10克兑水25升、50%扑海因可湿粉15克兑水25升对周围的菇床和覆土进行喷雾处理。
菇蛆发生特点：一年多代，全年有二高峰，分另4～5月和10～11月。
菇蛆防治：在喷药时要注意通风透气，降低菇房中的空气湿度。可选用高效、低毒、低残留的农药如锐劲特5%悬浮剂10毫升兑水15公斤喷雾。对于草腐菌（如蘑菇）喷药时要做到面料和菇床底部双面喷雾，喷雾力求均匀。对于木腐菌，袋栽的（如茶薪菇等）要先对菌袋断水2～3天，待菌袋稍干后在喷药液；用药14小时能使基部培养料里的菇蛆爬到菇床面上来，直立于料面，不吃，不断挣扎。48小时出现死亡。在菇房这种暗光环境下，锐劲特药效会持续更长时间。
6、菇转潮时的防治
当菇转潮时，要注意蘑菇的病虫害的药剂防治，实际上此时是防治的最好时期，距采菇还有一段时间（考虑到农药残留问题，尽量不要在出菇时用药防治）。可选用的杀菌剂如50%施保功可湿粉10克、50%扑海因可湿粉15克兑水25升加杀虫剂如5%锐劲特悬浮液17～25毫升进行喷雾，如果杀虫剂不是用锐劲特，则应加些红糖来引诱害虫跑出菇床面上来，达到防治效果。
用施保功防治病害，对菌丝的生长有一定的抑制作用，尽量少用和不能频用药，但很快恢复，对产量和质量并不影响。
总之，随着科学的不断发展，更多高效、低毒、低残留的新药剂也被不断开发出来。一种新的药剂要在蘑菇上使用，应先做安全性试验，然后才能在生产上大面积推广使用。
