水分不仅是食用菌细胞的重要成分，而且养料的吸收及运输、代谢废料排泄等离开水都无法进行。因此，食用菌在生长发育的各个阶段，都必须供给充足的水分。食用菌生长发育所需要的水分绝大多数来自培养料。培养料含有充足的水分，是菌丝体生长及子实体大量形成必不可少的因素。
食用菌菌丝生长阶段，培养料的适宜含水量一般为60％~65％，子实体形成阶段需水量更大。培养料中的水分由于蒸发及子实体吸收而不断减少，因此，栽培时需经常喷水。此外，菇房中如能经常保持一定的空气相对湿度，也能防止培养料中水分的过度蒸发。除培养料应有充足的水分，食用菌还需要一定的空气相对湿度，适宜菌丝体生长的空气相对湿度，一般以80％~95％较为适宜。当空气相对湿度低于60％时，平菇等食用菌的子实体停止生长；当空气相对湿度低于45％时，子实体不再分化，已分化幼菇会干枯死亡。
在对菌袋的培养基补水时应当注意以下几个要点：
一是补水量，当第一潮菇采收后，基质营养丰富，基质中水分含量还较高时，补水量宜少些；当长过第二潮菇后，基质营养减少，基质中的水分也降低了，补水量就可多些，菌袋浸水的时间就可长一些；
二是补水时应用清洁干净的河水或地下水，不宜使用地表的塘水和沟水，防止杂菌和害虫携带入基质中，引发病虫害；
三是补水时注意温度变化，当温度高于20℃时，补水量应少或用浇水方式补充水分，当温度低于20℃时，补水量可适当增加一些。
四是补水时应补充一定的营养，当前几茬菇出完之后，菌袋内的营养也被消耗了大部分，后期在营养不充足的情况下，菌丝无力，后劲不足，出菇的品质和数量明显降低，所以补水的时候加入一定的营养剂，可以复壮菌丝，促进菌丝生长，菇体分化，提高出菇的品质和产量。
