香菇的菌种分为母种、原种和栽培种，也就是香菇的一级种、二级种和三级种。香菇的母种，就是试管种，是为了保存菌种。原种由母种扩繁而来，目的是为了扩繁栽培种。栽培种由原种扩繁而来，目的就是用于香菇生产。原种处于中间环节，起着承上启下的作用。
香菇原种的制作，在选择好母种，确认母种不携带杂菌的情况下，要分为培养基制作、培养基装袋（瓶）、培养基灭菌、接种母种、培养菌丝体五个步骤，每个步骤操作不当，都有可能埋下感染杂菌的隐患或遭受杂菌感染的风险。这就要求操作者在原种制作的整个过程中，必须做好预防。
一，培养基的制作。
▪用于香菇培养基的原料很多，麦粒、谷粒、高粱粒、玉米粒、木屑、棉籽壳、玉米芯、麦麸、米糠、石膏、生石灰等都是制作香菇原种培养基的好原料。
▪在这个步骤与杂菌污染存在必然联系的就是原料。如果选用的原料不新鲜，发生了霉变、腐烂，很可能就带有杂菌。使用了这样原料制作培养基，就使杂菌进入了香菇原种的制作过程，埋下了可能受到污染的隐患。如在以后的灭菌步骤处理不当，杂菌遇到适宜自身生长的条件，原种必然受到杂菌污染。
★预防方法:
在这个步骤预防杂菌感染，就是保正选用的培养基原料的新鲜，使用的原料无霉变、无腐烂。这是此步骤阻止杂菌进入原种制作过程的唯一办法
二，培养基装袋（瓶）
▪香菇原种培养基制作完毕，就要装进原种专用容器，一般都是使用标准塑料菌袋（瓶）或玻璃瓶。装完培养基，袋（瓶）口用棉塞扣盖盖紧封严。
▪在装袋（瓶）步骤，与杂菌存在联系的就是袋（瓶）体或扣盖携带杂菌，使用了携带有杂菌的袋（瓶），就使杂菌进入原种制作过程。这与培养基原料带菌效果一样，给原种受到杂菌污染埋下了隐患。如果处理不当，给原种造成杂菌污染也是必然
★预防办法:
【1】对所用的袋（瓶）和扣盖，进行显微镜检测，弃用带菌袋（瓶）和扣盖。这种办法只适用于数量较小的原种制作，数量过大，显微镜检测耗时过长、耗人力过大，不现实。
【2】对瓶体和扣盖用高锰酸钾5000倍液浸泡2小时后，经灭菌处理的清水冲洗后使用。
【3】对塑料标准袋，采用高压灭菌，在温度121~126℃、压力0.105~0.135Mpa条件下，保持90~120分钟之后再使用。
【4】借助灭菌步骤，在保证效果情况下，与培养基一起经受彻底灭菌。
三，灭菌。
▪原种制作对培养基进行灭菌，多采用高压灭菌，是制作香菇原种必须进行的步骤，也是很关键步骤。目的就是要杀灭培养基或菌袋（瓶）和海绵扣盖上可能存在的杂菌。
▪然而，一旦出现失误，就可能造成培养基或菌袋（瓶）和海绵扣盖上的杂菌残留，使杂菌存活在原种的制作过程中，杂菌遇适宜生长条件，就会对香菇原种造成污染。
★可能造成杂菌污染的操作。
【1】原料不预湿或预湿不彻底。
制作原种培养基所选用的原料，有的密度较大，如麦粒、谷粒、玉米粒等。或者存在密度较大的部分，如棉籽壳的碎壳部分，玉米芯的脐部。如果选用了这些原料，又不进行预湿或预湿不彻底，在培养基制作的过程中，遇水时间较短，不能完全被水浸透，一旦这些原料或原料密度较大部分内部带菌，灭菌过程中，高温不论保持时间多久，蒸汽都不能把密度大部分穿透，这种情况下，存在的杂菌就得以残留，进入原种制作的下一个步骤，杂菌遇适宜条件萌发，就会污染原种。
★预防办法:
提前对密度较大或存在密度较大部分的原料，进行预湿处理，预湿以水浸透原料为标准，没有确切时长要求。
【2】灭菌仓培养基袋袋（瓶）摆放过于紧密。
培养基袋（瓶）在运进灭菌仓进行摆放时，过于紧密，袋与袋之间没有合理的间隔，甚至出现挤压，并且挤压的过于结实，此部分在灭菌规定时长，甚至超时长的情况下，高温蒸汽也没能穿透挤压部分，造成培养基袋（瓶）灭菌不通透，而恰好灭菌不通透部分又存在杂菌，杂菌得以躲过高温杀灭，从而进入下一步骤，遇适宜条件萌发生长，就会造成培养基被污染。玻璃瓶一般不容易出现此种情况。
★预防办法:
培养基袋（瓶）摆放时，注意袋与袋之间距离，要疏密有致，保证蒸汽能穿透至灭菌仓培养基袋（瓶）内任一位置。
【3】灭菌仓内冷气排放不尽。
培养基袋（瓶）灭菌过程中，灭菌仓内的冷气必须排净，如果没能排尽，在升温生压的情况下，冷气聚集在一起，很容易在仓内形成冷死团，冷气团温度很难在高温高压下升温和散开，它们在仓内随蒸汽流游移，阻滞高温蒸汽运行，停留在哪个位置，哪个位置高温蒸汽都不能顺利到达，造成此位置灭菌不彻底，这个位置的培养基袋如存在杂菌，就会出现残留，以活体方式进入原种制作下一个步骤，遇合适条件，污染培养基。
★预防办法:
注意观察，增加排气时间，确认冷气排尽后，再关闭排气阀。
【4】灭菌仓温度和压力不匹配。
在高压灭菌中，向灭菌仓中输送蒸汽，由于大气压的作用，有时温度达到121℃，压力却不能达到与之匹配的0.105Mpa，这是普遍现象，灭菌操作时，一旦忽略观察压力表，就可能出现温度达到，压力不够，在压力不达标的情况下，规定时间内，蒸汽无法穿透培养基，造成灭菌不彻底，杂菌残留，使原种在以后步骤中，受到污染。
★预防办法:
在观察温度表时，不忽略压力表的观察，通过调节放气阀门，使温度与压力匹配。
【5】灭菌温度、压力不达标或灭菌时长不够。
培养基灭菌过程中，操作人员没有责任心，疏于观察，应付了事，使灭菌温度没有达到规定的121℃、压力0.105Mpa，或者时间没能达到120分钟（植物籽粒种150分钟），造成灭菌达不到效果，出现杂菌残留，造成原种污染。
★预防办法:
树立操作人员责任心，使温度、压力及灭菌时长达到要求标准。
四，接种。
香菇原种制作中，接种就是把母种在无菌条件下，接入原种培养基，需要在接种箱或接种室中进行。接种环节最容易造成原种的杂菌感染，是原种制作防止杂菌感染的重中之重，以下几点很容易使杂菌进入制作过程。
【1】接种箱或接种室消毒灭菌不彻底。
在接种前，要对接种箱或接种室进行消毒灭菌。
⑴灭菌方法单一，长时间使用一种药剂灭菌，杂菌具有耐药性，灭菌后，杂菌残留，造成灭菌不彻底。
⑵接种箱擦拭消毒灭菌时，不全面，留有死角。熏蒸灭菌时，接种箱封闭不严，出现杂菌残留。
⑶接种室灭菌时，熏蒸灭菌，空间封闭不严，紫外线照射出现死角，造成杂菌残留。
【2】母种进入接种室处理不当。
母种进入接种室和接种箱前后，对试管外壁和塞口擦拭不彻底，而恰好外壁会有杂菌。
【3】接种时没有严格执行操作规程。
⑴使用没经消毒灭菌处理的接种工具或穿着未经消毒灭菌处理的衣物进行接种作业。
⑵接种时，接种人员走动，不经缓冲间，随意出入接种室，造成扬尘污染。
⑶接种箱接种，未在酒精灯火焰的保护下，进行接种。
⑷接种室接种未开启接种保护器，就进行接种。
⑸接种后，未及时扣盖，使菌种在空间暴露时间过长。
⑹违反接种操作规程等其他行为，造成杂菌残留。
以上这些操作都可能造成杂菌的侵入，致使原种受到污染。
★预防方法:
【1】多种消毒灭菌方法结合，保证接种箱和接种室接种时，处于无菌状态。
⑴接种箱消毒灭菌采用百菌清喷洒、福尔马林或绿霉净擦拭，结合必洁仕或菇虫净气雾剂熏蒸灭菌的方法，不留死角地杀灭杂菌。
⑵接种室灭菌采用百菌清喷洒、必洁仕或菇虫净气雾剂熏蒸，结合紫外线照射的方法，干净彻底灭杀杂菌。
【2】做好母种试管进入接种箱和接种室前后的灭菌处理。
进入前用75%酒精擦拭试管外壁，进入后用75%酒精对试管外壁和塞口再进行擦拭，之后再打开试管塞，进行使用。
【3】严格执行接种操作规程。
⑴做好更衣室、缓冲间的灭菌，接种工具和人员着装，在灭菌同时，接受灭菌，杜绝使用未经灭菌的接种工具。
⑵接种室接种时，人员进出必须通过缓冲间，尽量避免人员走动，以避免扬尘污染。
⑶接种箱在酒精灯火焰保护下进行接种。接种室接种全程开启接种保护器，就在其保护下进行接种。
⑷接种完毕，立即盖好扣盖，尽量减少母种的空间暴露时间。
五，养菌。
原种培养料基接种母种后，原种菌袋就将放入养菌室进行菌丝体培养，此时也会造成杂菌感染，感染途径有以下几种。
【1】养菌室消毒灭菌不彻底，造成杂菌残留。
原种菌袋（瓶）进入养菌室之前，要进行养菌室的消毒灭菌，杂菌存在于养菌室的墙壁、地面空中及各个角落，消毒灭菌处理如不够彻底，就将造成杂菌残留，条件适宜的条件下杂菌就将侵染原种菌袋（瓶）
【2】养菌室封闭不严，外界杂菌随空气水流人员进出进入养菌室。
自然环境中，杂菌无处不在，广泛存在于空气、水和各种物质中，养菌室封闭不够严格，随通风气流、加湿水流，甚至人员进出时，附于人员衣物等地方，随人员进入。在养菌室中遇适宜条件萌发，侵染原种菌袋。
【3】养菌室温度、湿度、通风等调节控制不到位，使杂菌滋生。
香菇原种在养菌期，养菌室要保持23~27℃，空间相对湿度要保持在70%左右，同时要保证养菌室通风良好，有充足的氧气含量。如果控制失误，形成益于杂菌萌发、发育、生长的高温高湿环境，使杂菌滋生，就会造成对原种菌袋（瓶）侵染。
★预防办法:
【1】做好养菌室消毒灭菌。
在香菇原种菌袋进入前，采用百菌清或绿霉净等灭菌药剂水溶液全面、无死角的喷洒后，用硫磺过菇虫净气雾剂进行熏蒸灭菌，如是种植香菇时间过久的老菇棚，有必要甲醛加高锰酸钾进行熏蒸。这样就能彻底灭杀养菌室杂菌。
【2】采取严格防护措施，杜绝媒介带菌进入养菌室。
⑴门窗和通风通道安装过滤网，阻止杂菌进入。
⑵对加湿用水进行消毒灭菌后再使用。
⑶做好进出养菌室的人员管理，穿着经消毒灭菌的服装进入。
【3】调节好温度、湿度通风等环境因素。
按香菇原种养菌要求调节温度、湿度和通风，协调好它们之间的关系，避免出现高温高、湿环境出现，抑制杂菌活力，避免杂菌侵染。
【4】喷洒灭菌药剂。
养菌期间，养菌空间（地面、墙壁等）要定时喷洒灭菌，及时杀灭空间的存在的杂菌。
另外，母种带菌也是造成原种受到污染的途径之一，所以对所使用的母种要做好检测，拒绝使用带杂菌母种。
香菇原种制作和培养过程中，造成母种污染的原因多种多样，充斥在原种制作和培养的每一个环节和步骤中。因此，进行香菇的原种制作时，要步步为营、处处小心，不能忽略任何一个小的细节，不能出现任何微小的失误，时刻也不能放松对杂菌的预防，必须把好每一关，阻止杂菌进入，彻底消灭可能进入的杂菌，才能保证香菇原种制作和培养的成功。（初始农人）
