菌墙垒叠欠妥
菌袋进棚垒墙太高，即10袋一码，超过1米；有的菌墙之间填入粘性土壤，不透气；有的填土后烧水不足；有的菌墙码垛过于密集，中间不填土；有的垒墙时，袋头割膜不得法，入墙部分只割1/3，割得太少，而露外一端反而割膜，菌丝体露空不保湿，致使这些子实体生长发育受到抑制。比如北方菌袋叠墙，袋间填土水分不足，进入寒冬加温催蕾时水分偏干，菌袋内的含水量反被填土吸收，使菌丝体脱水，出现菌盖不展或萎缩状态的畸形菇。而粘性土壤板结，透气性差，对菌丝体不能起调节作用，反而阻碍正常的生理生殖活动。
先天性营养缺陷
有四种表现：一是配方中原辅料棉籽壳、麦皮陈年受潮霉变，养分降解。配方中含氮的麦用量偏少，菌丝生长前期无不良反应，到长菇期营养不能满足需要。二是培养基酸败。三是菌袋内水分蒸发，发菌丝体脱水。这些属于先天性营养不良，所以产出的菇盖薄，呈波边状，或产不展盖、色偏黄不白的变异菇。
预产期把握不准
常因栽培者求菇心切，菌丝尚未生理成熟就人为催蕾，造成早产畸形。
催蕾技术不到位
菌丝生理成熟后还需要0～13℃低温刺激10～15天，这期间还要进行5～7天的10℃以上温差刺激，才能逼使原基发生分化成菇蕾。这是白灵菇与众不同的一个特性。栽培者常因没掌握这个独特种性，而低温蹲菌期不足，温差刺激不够，导致子实体发育受到抑制而变形。有的菇农在12月上旬进棚催蕾时，为了保温，忽视通风，棚内严重缺氧，结果催出的菇柄长达20厘米，菇盖紧握不展，尽是“拳头菇”。
疏蕾未引起重视
有人看到菇蕾丛生喜出望外，明知菇蕾太密，舍不得摘掉。有人担心摘一个蕾会连累其他；也有的虽疏蕾但留蕾太多。由于疏蕾不当，出菇互相拥挤，因此出现蝴蝶形、长牛舌状、驼背菇等变异体态。
长菇期管理不善
菇蕾出现后逐步分化成子实体，在长菇期间常因温、光、气调节不好，导致菇体发育倚斜侧长，或驼背或盖面凹陷，或斑点麻脸、色变，以及采收过期，菇体超大，不符合等级。（康龙）
