1.菇蚊菇蝇类：秋季栽培一般采用发酵料（平菇、鸡腿菇、双孢菇），菇蚊、平菇眼菌蚊、蘑菇眼菌蚊、粪蝇、蚤蝇、果蝇等成虫近料产卵，成虫及卵并不能直接产生为害。这些害虫的成虫极具趋光性和趋味(菇香味、料香味、腐味)性，菇棚闭光处理时，发生概率较低，虫口密度大为下降。
2.螨类：螨类虫源渠道多，或寄居于棚内边角的缝中，也可通过各种工具进入菇棚。螨类主要以咬食菌丝为主要为害，但当虫口密度较大时，也能咬啮菇蕾及老熟子实体。螨虫主要品种有粉螨、蒲螨等。螨虫个体极其微小，但该害虫有群居习性，成堆成团地活动于料表及菇棚边角、地面，虫口密度很大时，料表呈白色(乌白色)或肉红色甚至红褐色。
3.跳虫：该虫多于夏秋季节发生危害，15℃以上条件即可存活，气温达22℃时渐趋活跃，并随之繁殖扩大，跳虫以菌丝体和子实体为危害对象，且潜伏在菌褶及细小缝隙中，使产品价值大打折扣甚至报废。跳虫品种较多，常见的主要有角跳虫、黑角跳虫、黑扁跳虫等。跳虫的寿命长达到一年。菇棚内潮湿的环境、阴暗的光线、丰富的菌丝及蘑菇营养，为跳虫的繁衍生息提供了条件，因此，为害性较大。
4.线虫：线虫主要危害食用菌菌丝，亦有多个品种，主要有具口针的菌丝线虫、无口针的小杆线虫等，前者以口针插入菌丝体吸取菌丝液汁，使菌丝生长受阻、继之萎缩死亡，产生“退菌”现象；后者则为害菌丝成为碎片，然后吞食或吸吮，结果同样是使菌丝消失。
