食用菌病害主要是指真菌性病害、细菌性病害和病毒性病害三种类型，如何分辨这些病害对于防治，特别是药剂防治来说十分重要。很多菇农朋友对我反映有时药物防治无效，最根本的原因是没有分清是什么病害就乱投药。张冠李戴的事情屡有发生。例如，平菇发生了细菌性斑点病，却错误地喷洒杀真菌的药物，这样打再多的药剂也无计入事，而且还容易产生药害。
能够使食用菌生病的真菌是一些丝状体，细菌是单细胞，病毒是没有细胞结构的分子生物，他们的新陈代谢方式以及脾气秉性有很大区别，对症的药剂也就不同了。
真菌性病害：引起食用菌病害的真菌绝大多数是霉菌类，具丝状菌丝。这些病原真菌除腐生外，还具有不同程度的寄生性，在侵染的一定时期就在被侵染的食用菌菌体表面形成病斑和繁殖体-----孢子。这类真菌病原物多喜高温、高湿和酸性环境，以气流、水等为其主要传播方式。在食用菌种植中常见的真菌病害有疣孢霉引起的褐腐病、轮枝霉引起的干泡病、轮指孢霉引起的软腐病、头孢霉引起的褶霉病、镰孢霉引起的猝倒病等等。
细菌病害：引发食用菌病害的细菌绝大多数是多种假单孢杆菌，这类细菌多喜高温、高湿、近中性的基质环境，气流、基质、水流、工具、操作、昆虫等都可以传播。常见的细菌性病害有托拉氏假单孢杆菌引起的褐斑病、菊苣假单孢杆菌引起的菌褶滴水病等。
病毒病：病毒是一类专性寄生物，现也发现寄生危害食用菌的病毒有数十种，引起食用菌发病的病毒多是球形结构。常见的病毒病有香菇病毒病、平菇病毒病、蘑菇病毒病等等。
区分真菌、细菌和病毒病害，首先是看症状类型，生病菇体的变化分5大类型，腐烂、坏死、变色、萎蔫、畸形。真菌的种类很多，不同真菌能够造成以上5类病状，其中最常见的是坏死和腐烂；细菌通常破坏细胞壁，所以主要造成腐烂、萎蔫症状。病毒侵入菇体一般不会立刻杀死子实体，主要是改变子实体生长发育过程，引起菇体颜色或形状的改变，我们称之为变色和畸形。
真菌和细菌都可以造成腐烂病，但细菌造成的腐烂往往出水很多，烂成一滩泥，而真菌造成的腐烂有的较干，有的湿润，上面常常长出各种颜色的霉层或小黑点、小黑粒。另一个区别是细菌造成的腐烂发出臭味，真菌病害没有臭味，有衣物发霉甚或发酵的香味。
如果同样造成斑点病，也有区分方法。细菌破坏菇体的细胞壁、细胞膜，这样就变得透明，所以细菌病害的病斑很像水浸或油浸状，边缘有点透明，湿润条件下，能够在发病部位看到亮黄色小珠子，是细菌的菌脓。真菌病害会长一些霉层或小黑粒，病毒病斑的表面什么东西都不长。
另外，由于传播方式的差异，这3种病害在菇棚的分布也会不同。细菌和水关系密切，细菌病害的分布常与水分有关；病毒病害常和传毒昆虫的活动有关。观察病害菇棚分布情况，也可以间接推测病害种类。
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