原种由母种繁殖而成，主要用于制作栽培种，也可在栽培时使用。
不同种类食用菌的原种培养基质不同。培养基质应尽量选用与培养料接近的物质。木生菌用木屑料，草粪类用草粪料为好。现在很多地方为了省工易操作，菌种生长快等原因多用麦粒料。制作原种的培养料含水量应比栽培料稍低，保证瓶内有足够空气供菌丝生长。原种多用500毫升或750毫升白色玻璃瓶装料，装瓶时注意上紧下松，装瓶后用一木锥棒在料内插一通气孔道，插到瓶底为好。一般装料1/2—3/5为好。最后用干净布把瓶口抹干净，用棉塞、牛皮纸包扎好，写上标签后立即进行灭菌，夏天不超过2小时，冬天不超过4小时。一般用1.5公斤压力60分钟连续灭菌，停止加温后留在锅内闷4小时为好。
原种的接种方法：在接种箱或接种室内，母种在酒精灯旁切成约1立方厘米大小的菌丝块，原种培养基在酒精灯旁用75%酒精抹瓶的外壁，用拿接种铲的手拔去棉塞并向外夹在指间，然后另一手拿起母种管，并用拿铲的手拔出棉塞夹在另一指间，迅速准确地用接种铲把母种菌丝块送入原种瓶内的培养基面上，不要放入瓶底，把试管口、原种瓶口烧过，塞上棉塞。然后包扎好，写上标签，立即进行适温培养，一般一支母种可接4—6瓶原种。 原种培养时把瓶直放，使菌种定植。当菌丝长满面层，并开始深入料内，可斜叠堆放。每天检查一次，发现死种或杂菌污染的瓶应即时取出处理。当菌丝生长到半瓶时，培养温度可降低摄氏2—3度。让菌丝生长更健壮。但草菇菌种不宜降温。直至菌丝长到底部、并均匀长满整瓶，菌种即为成熟。一般成熟后7—8天内使用较好。成熟的原种放在干爽、有漫射光、通风的场所。麦粒种不超过3个月，草粪种不超过20天为好。死种瓶在一周内补接种仍可使用。
