栽培银耳要获得高产、优质，菌种是关键，纯菌种的获得一般有孢子弹射和耳木分离，即有性繁殖和无性繁殖。无性繁殖虽然方法简单，但菌种纯度不高，且易退化，产量也低；有性繁殖菌种纯度高，产量高，但方法比较复杂，无论哪种方法都必须具备银耳和香灰两种菌丝。香灰菌称为银耳的伴生菌。
1、孢子弹射分离法
(1)种耳的选择
种耳的要求应是出耳正常，朵大、朵形好、肉厚、片大、色白、开片正常、无杂菌、无病害、八成熟的子实体选择备用。
(2)试管培养基的配制
去皮马铃薯200克，葡萄糖20克，琼脂20克，水1000毫升，pH值(酸碱度)5.2-5.8。
制法：将马铃薯洗净，去皮切片，加水1000毫升煮沸30分钟，捞起用八层纱布过滤，将溶液加入琼脂、葡萄糖，再用文火煮至琼脂全部溶化，补水至足量，调整酸碱度，趁热分装于试管。装入量为试管总长的1/4左右，塞紧棉花塞，将10支试管用纸包成一捆，置于高压灭菌锅内，在1.2公斤/平方厘米的压力下保持30分钟。取出后趁热将试管排放成斜面，冷却后即可使用。若装入三角瓶，培养基厚度为1厘米。
(3)银耳孢子的弹射
取烧杯4只，以及不锈钢钩、接种针、剪刀、镊子、无菌水、无菌纱布、酒精灯、0.l％的升汞溶液，连同装有马铃薯琼脂培养基的三角瓶、种耳等放入接种箱，用福尔马林10毫升和高锰酸钾10克混合熏蒸，消毒灭菌30分钟，先将3只烧杯用酒精消毒后，各倒入无菌水若干，另只烧杯倒入0.1％的升汞溶液，用剪刀剪数片肉厚、片大的耳瓣，在升汞溶液中浸5-10秒钟，迅速依次放人3只无菌水烧杯中，各浸洗1分钟，再用无菌纱布将水吸干，用钢钩迅速挂于三角瓶内，塞上棉塞。为防杂菌感染，耳片距培养基约3厘米左右。置于恒温箱，温度保持在23-25℃，培养24小时，可在培养基表层看到雾状的孢子卵，这时可在接种箱内，取出钢钩及耳片，塞好棉塞，继续培养2-3天后，培养基表面可看到白色糊状，边缘光滑，中间凸起的菌落，这就是银耳孢子。若无杂菌可采取划线法或稀释法，获得纯芽孢后再进行扩大。
2、香灰菌丝的分离
取子实体长得理想的耳木一段(段木栽培银耳的木段)，去掉耳基及树皮，用75％的酒精表面擦洗，杀死附在耳木表面的杂菌，移入装有敌敌畏或乐果的容器中过夜，以便杀死或驱跑耳基周围的虫害和螨类等。
取烧坏4只，1只倒入0.1％的升汞溶液，3只倒入无菌水，连同酒精灯、无菌刀、接种针、无菌纱布、斜面试管和经过消毒的耳水，放入接种箱内，进行消毒灭菌。先将耳木浸入升汞药液内20秒钟左右，再移入3个无菌水的烧杯中顺序洗3遍，然后用无菌纱布吸干水分，用无菌刀去掉耳木表面老菌丝，将耳木中间有黑色花纹处搞碎，用接种针挑取麦粒大小一块，迅速移入斜面试管里，塞上棉塞，用此法接完所有试管，一次必须多接一些试管，以便筛选提纯。然后移入电热恒温箱中，温度保持在23-25℃，2-3天后即可长出香灰菌丝。若发现有红、绿、黄等均为杂菌感染，应及时淘汰。纯香灰菌丝色白，粗短，爬壁力强。分离后要根据其爬壁力强的特点，及时转管高纯，这样就能得到理想的香灰菌丝。
