诱变育种能大幅度地增加菌种的变异量，从而人们能从诱变后的群体中筛选优良菌株。常采用物理、化学等诱变剂来动摇菌种的遗传性，直接或间接地作用于核酸物质，能强烈地引起菌种的变异。诱变育种的诱变剂很多，常用的有紫外线、X光线、Y射线及硫酸二乙醋、5-溴尿嘧啶、氮芥、N“广甲基N”亚硝基胍等。
诱变育种方法有三个步骤：一是准备孢子悬浮液，将新鲜的食用菌无菌孢子移入5毫升无菌生理盐水或磷酸缓冲液中，摇匀后即成孢子悬浮液。孢子悬浮液的浓度以每毫升含孢子106～109个为宜。二是诱变处理，用诱变剂处理如紫外线处理，诱变处理应在暗箱内进行，箱内装15瓦紫外灯1支，悬挂于30厘米高处，诱变处理时应先开灯20分钟，使波长稳定，然后将悬浮液倒入直径为6厘米的无菌培养皿中，打开皿盖，照射0.5～1分钟。照射后的孢子悬浮液每毫升所含的活抱子数约在105～108个。因此要得到单个菌落，必需先用无菌水将照射后的孢子悬浮液稀释1000～10万倍。然后取释释液0.2毫升涂布于装有琼脂培养基的培养皿上，在25℃下培养5～10天，这时就能在每个平板上得到数十个单菌落。选纯正、健壮的单个菌落移入斜面试管内，供进一步测定筛选。三是挑菌筛选，诱变处理只是扩大了它的变异范围，并不能决定变异的方向，所以诱变最大的困难是筛选，只有在大量的、各种各样的变异中，才能筛选到符合需要的变异个体。这样就需将诱变后的孢子经培养长出菌落后及时挑菌，选发育健全的单个菌落移入斜面试管内，一个菌落只接一支斜面，待外面长好后，再分别接入2～4瓶原种中，然后进行栽培试验，反复比较各菌落的生产性能，择优留取。
