1、防治杂菌，操作人员必须严格遵守无菌操作规程，搞好接种箱、菇棚的环境卫生及消毒工作。
2、金针菇栽培期发现棉腐病根腐病及细菌性斑点病等病害时，及时将污染部分剔除，加强通风、通气、降低温度，控制病害蔓延。
3、防治为害金针菇的眼菌纹、菇蝇、螨类等虫害的方法，主要是搞好环境卫生，菇棚内外经常撒石灰，消毒灭菌减少虫源，菇棚通气孔安装尼龙纱网防止成虫飞入。
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