褐腐病
病菇幼时受侵染，无法进行分化，后期则形成不规则的灰白色“疙瘩头”，如菌盖极厚如拳，或菌柄菌盖难以区分等，且在表面着生一层“白毛”，温度在20℃以上时，4～5天病菇色泽变暗，继之腐烂，渗出褐色、酱油状液汁，并腐烂、发臭；若棚温低于20℃，该过程变长，约需7天以上。子实体生长中期受侵染，则在菌盖表面出现褐色病斑，菌柄呈粗胖状，继之菇体变软，亦渗出暗褐色液滴。切开病菇其内部组织由原来的白色变为乌白色，菇体软腐后则变为乌褐色，并发出臭味。其主要是病菌孢子通过空气及人为、工具等渠道传播。
防治措施：清理环境卫生，去年的染病老菇棚重新使用前可铲除一层墙皮，继之堆上秸秆点火焚烧，然后再重新扣棚，喷洒一遍多菌灵溶液，其用量为每100平方米菇棚使用50%的多菌灵纯粉1公斤，对水80公斤左右，均匀喷洒，焖棚2天以后即可启用。在温度低于13℃时，可抑制病菌为害。刮除料面0.2～0.3厘米厚，地毯式喷洒70～100倍的百病去无踪溶液，可有效抑制或杀死部分病原菌。也可采取预防措施，在菌袋进棚后或播种后，喷洒100～150倍百病去无踪溶液，出菇前再加强一次，发病初期可连续喷洒2次，效果很好。
褐斑病
早期发病时，可使蘑菇原基发生畸形，侵染幼菇时，可使菌柄或基部出现褐色条纹，菌盖上布有褐色斑点，病菇向一侧生长，切开病菇观察，其组织内部呈黄褐色、干燥、松散状，菇体不腐烂、无臭味。该病初发时可能由于土壤中残存的和空气中飘浮的病原孢子萌发所致，而发病后的迅速蔓延则是通过人体、工具、虫类甚至喷水时溅水传播。
防治措施：菇棚的处理可参考褐腐病。双孢菇生产提倡二次发酵技术；对覆土材料应进行常规杀菌处理；菌袋进棚后或鸡腿菇、双孢菇覆土后，地毯式喷洒一遍150倍百病去无踪；发病初期，连续喷洒100倍百病去无踪2次以上；为害比较严重时清理所有病菇，停止用水，通风干燥，将病菇焚烧，清理料面并涂刷50倍百病去无踪；对所有可能带菌的工具、材料等均使用600倍多菌灵溶液洗刷。
软腐病
又称霜霉病等，发病后，菇床上被病菌灰白色菌丝覆盖后，变为暗灰绿色或暗褐色，食用菌菌丝缺乏氧气和受病菌分泌物侵染而失去活力，此后很难出菇，病害严重为害前发生的子实体则先从基部发病，并向上伸延至菌盖，菌盖初期出现淡褐色大小不一的水渍状病斑，继之即被病菌所覆盖、死亡，最后腐烂，手触即倒。其病原菌是通过覆土材料、水、虫类及人体和空气流动而传播。
防治措施：菇棚处理可参考前述。加强菇棚通风条件的改善，以尽量降低菌畦或菌墙的表面湿度，尤其在人工喷水后，更需及时通风；将基料pH值调至7左右，对耐碱品种则可调至9左右；发病初期，可见菇床表面有病菌菌丝时，可喷施100倍百病去无踪；病害发生较重时，可在病区撒施少量石灰粉覆盖；大面积发生为害时，可将病菇摘除并清理料面及覆土材料，喷洒100倍百病去无踪后，更换新处理过的覆土材料，然后再喷施150倍百病去无踪溶液，以预防病害的发生。
锈斑病
为害症状是在菌盖表面形成圆形或椭圆形铁锈色病斑，病斑边缘整齐，其中间凹陷，斑点干缩后，菌盖裂开，形成不对称的子实体，菌柄上较少染病，菌褶上基本没有感染。该病为细菌性病害，各种原辅材料、覆土材料、水中均有其病菌潜伏，在15℃以上、空气湿度大于85%时病菌即极为活跃，通过人体、空气流动、虫类潜入、工具携带等渠道传播，尤其在湿度大、通风不良时，更易诱发该病。
