斜面菌种保藏法是最简便、最普遍的保藏方法。具体做法是：将菌种在适宜的斜面培养基上培养成熟后，移入4～6℃的低温下保藏，以后每隔3～5个月转管一次。这个方法适用于所有的食用菌菌种，但草菇菌种的贮藏温度需要提高到10～13℃，不然需在草菇菌落表面灌进3～4毫升10%甘油，起防冻作用。
斜面菌种保藏法应注意以下几点：
第一，要选配好合适的培养基，一般要求培养基含有较丰富的有机氮，而尽可能降低糖的含量（一般不宜超过2%），既满足菌丝生长的需要，又能防止产酸过多，以保持菌种的优良性状。天然培养基比合成培养基更适用于菌种保藏。保种的培养基最好能添加缓冲剂。
第二，保藏的菌种要移植在新配制琼脂斜面上，并在适温下培养至菌丝在整个斜面基本长满，入藏的菌种培养时间不可太长，以免降低菌种生活力和保藏时间。
第三，保藏期间切勿使棉塞受潮，并定期检查有无杂菌污染现象，培养基是否失水干缩。
第四，菌种的试管口用玻璃纸、塑料薄膜或防潮纸包扎，或用石蜡封闭，以防止培养基内水分过快蒸发。某些菌种（如革菌、多孔菌）试管要用黑色纸包裹后避光保藏，以免在光刺激下菌丝革质化，影响转管。
第五，存放在冰箱内的菌种不可过分拥挤。温度要控制在4℃左右，不宜过高过低。温度过低，培养基结冰脱水，菌丝容易衰老死亡；温度过高，会加快代谢过程，影响保藏期限。
第六，保藏菌种在使用前要置于适当温度下，使其活化，再行转管扩大培养。专管移植培养基应采用原来的培养基。
